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J-GLOBAL ID：201802282553926098   整理番号：18A1114810

Pax3プロモーターとFOXO1調節エレメント間の相互作用を介した横紋筋肉腫における調節性景観融合【JST・京大機械翻訳】

Regulatory landscape fusion in rhabdomyosarcoma through interactions between the PAX3 promoter and FOXO1 regulatory elements

著者 (10件)： Vicente-Garcia Cristina (Centro Andaluz de Biologia del Desarrollo (CABD), CSIC-UPO-JA, Universidad Pablo de Olavide, Seville, Spain) ,  Villarejo-Balcells Barbara (Division of Cancer Biology, The Institute of Cancer Research, Chester Beatty Laboratories, London, UK) ,  Irastorza-Azcarate Ibai (Centro Andaluz de Biologia del Desarrollo (CABD), CSIC-UPO-JA, Universidad Pablo de Olavide, Seville, Spain) ,  Naranjo Silvia (Centro Andaluz de Biologia del Desarrollo (CABD), CSIC-UPO-JA, Universidad Pablo de Olavide, Seville, Spain) ,  Acemel Rafael D. (Centro Andaluz de Biologia del Desarrollo (CABD), CSIC-UPO-JA, Universidad Pablo de Olavide, Seville, Spain) ,  Tena Juan J. (Centro Andaluz de Biologia del Desarrollo (CABD), CSIC-UPO-JA, Universidad Pablo de Olavide, Seville, Spain) ,  Rigby Peter W. J. (Division of Cancer Biology, The Institute of Cancer Research, Chester Beatty Laboratories, London, UK) ,  Devos Damien P. (Centro Andaluz de Biologia del Desarrollo (CABD), CSIC-UPO-JA, Universidad Pablo de Olavide, Seville, Spain) ,  Gomez-Skarmeta Jose L. (Centro Andaluz de Biologia del Desarrollo (CABD), CSIC-UPO-JA, Universidad Pablo de Olavide, Seville, Spain) ,  Carvajal Jaime J. (Centro Andaluz de Biologia del Desarrollo (CABD), CSIC-UPO-JA, Universidad Pablo de Olavide, Seville, Spain)
資料名： Genome Biology (Web)  (Genome Biology (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 106  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7384A  ISSN： 1474-760X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】トポロジー的に関連するドメイン(TAD)への脊椎動物ゲノムの組織化は,それらの中に位置する遺伝子の調節を促進すると信じられている。残りの疑問は,TAD組織化がそれらの中の規制要素の相互作用を通して達成されるか,またはこれらの相互作用がTADの存在によって有利にされるかどうかである。後者が真であれば,2つの独立したTADの融合は,転写景観の再配線と異所性接触の発生をもたらすはずである。結果:PAX3とFOXO1ドメイン内の相互作用は正常条件下でそれぞれのTADに限定され,一方,PAX3とFOXO1遺伝子を一緒にもたらす診断t(2;13)(q35;q14)転座を有するPAX3プロモーターはFOXO1配列と相互作用する。4C-seqデータセットの組み合わせを用いて,肺胞横紋筋肉腫における融合景観の三次元組織化をモデル化した。【結論】肺胞横紋筋肉腫発生につながる染色体転座は,非PAX3領域における異所性PAX3:FoxO1癌遺伝子活性化を支持する可能性がある新しいTADを生成する。したがって,横紋筋肉腫はPAX3を正常に発現しない細胞から生じる可能性がある。この新しいTADの境界は,それぞれPAX3とFOXO1 TADの元の5′-と3′-境界に対応し,TAD組織化が調節的長距離相互作用の形成に先行することを示唆した。著者らの結果は,転座により,新しい調節的景観が形成され,関与する元の遺伝子座間の新しい内部-TAD相互作用を可能にすることを示す。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： モデリング ,  ゲノム ,  位相幾何学 ,  脊椎動物 ,  *プロモーター領域 ,  *横紋筋肉腫 ,  *相互作用 ,  転座 ,  肺胞 ,  癌遺伝子 ,  配線 ,  三次元 ,  遺伝子
準シソーラス用語： *Pax3 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： TAD ,  CTCF ,  転写調節 ,  FOXO1 ,  Pax3 ,  肺胞横紋筋肉腫 ,  4C-seq

分類 (2件)： 腫ようの化学・生化学・病理学  (GE02030N) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (85件)：

• Nat Rev Genet; Exploring the three-dimensional organization of genomes: interpreting chromatin interaction data; J Dekker, MA Marti-Renom, LA Mirny; 14; 2013; 390-403; 10.1038/nrg3454; CR1;
• Nature; Topological domains in mammalian genomes identified by analysis of chromatin interactions; JR Dixon, S Selvaraj, F Yue, A Kim, Y Li, Y Shen; 485; 2012; 376-80; 10.1038/nature11082; CR2;
• Nature; Spatial partitioning of the regulatory landscape of the X-inactivation centre; EP Nora, BR Lajoie, EG Schulz, L Giorgetti, I Okamoto, N Servant; 485; 2012; 381-5; 10.1038/nature11049; CR3;
• Cell; Three-dimensional folding and functional organisation principles of the Drosophila genome; T Sexton, E Yaffe, E Kenigsberg, F Bantignies, B Leblanc, M Hoichman; 148; 2012; 458-72; 10.1016/j.cell.2012.01.010; CR4;
• Nature; A map of the cis-regulatory sequences in the mouse genome; Y Shen, F Yue, DF McCleary, Z Ye, L Edsall, S Kuan; 488; 2012; 116-20; 10.1038/nature11243; CR5;

タイトルに関連する用語 (9件)： Pax3 ,  プロモーター ,  FoxO1 ,  調節エレメント ,  相互作用 ,  横紋筋肉腫 ,  調節 ,  景観 ,  融合