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J-GLOBAL ID：201802282610378223   整理番号：18A1737806

ヒマワリさび菌トランスクリプトームのSNPサイトマイニングと遺伝子機能注釈【JST・京大機械翻訳】

SNP Mining and Gene Functional Annotation in Puccinia helianthi Transcriptome Group

著者 (3件)： Wang Yan (内蒙古農業大学農学院,内蒙古呼和浩特,010019) ,  Jing Lan (内蒙古農業大学農学院,内蒙古呼和浩特,010019) ,  Li Xinchun (内蒙古農業大学農学院,内蒙古呼和浩特,010019)
資料名： Huabei Nongxuebao  (Huabei Nongxuebao)
巻： 33  号： 3  ページ： 92-98  発行年： 2018年 
JST資料番号： C2462A  ISSN： 1000-7091  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： ヒマワリさび病菌のゲノムにおけるSNPの遺伝子機能とその病原性を知るために、SOAPsnpソフトウェアを用い、ヒマワリの330の異なる発芽段階(0,4、8h)のトランスクリプトーム配列の配列から獲得した59409のUnigene配列に対して、SNPの検出を行った。その発生頻度を計算し、Nr、Nt注釈、GO分類、COG分類、KEGG代謝経路注釈とPHI比較を行った。その結果、合計29966個のSNP部位はそれぞれ8321本のUnigeneに分布し、SNPの発生頻度は1/2764bpであり、そのうち19599個を転換し、10367個を交換した。A/GとC/Tの頻度は,すべての変異型で最高であり,それぞれ32.80%と32.60%であった。注釈の結果、それぞれ79.46%、43.00%の配列がNr、Ntデータベースに注釈され、遺伝子の中で最も多いのは遺伝情報過程通路であり、翻訳を主とする。最後に、これらのSNPUnigeneと病原菌宿主の相互作用データベースPHIを比較し、合計961のおそらくヒマワリの病原菌の病原性に関わるSNPを含む配列をスクリーニングし、従って、さび菌の病原性は真菌細胞壁修飾タンパク質と潜在的な病原性効果タンパク質によると考えられる。結果は,SNPの遺伝的多型と遺伝子地図の構築に理論的基盤を提供し,ヒマワリの病原性と機能の研究のための基礎を築くことができ,ヒマワリの耐病性育種の研究に大きな意味を持つ。Data from Wanfang. Translated by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 相互作用 ,  遺伝子地図 ,  真菌類 ,  代謝経路 ,  ゲノム ,  タンパク質 ,  遺伝子多型 ,  病原性 ,  *トランスクリプトーム ,  データベース ,  *アノテーション ,  ソフトウェア ,  発芽 ,  *ヒマワリ
準シソーラス用語： *遺伝子機能 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 分子遺伝学一般  (EC02010J)

タイトルに関連する用語 (7件)： ヒマワリ ,  さび ,  菌 ,  トランスクリプトーム ,  SNP ,  遺伝子機能 ,  注釈