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J-GLOBAL ID：201802283525472817   整理番号：18A1803551

博物館標本の低被覆率ショットガン配列決定からの超小型元素,エキソン,およびイントロンを回収するための単純な戦略 Gallies内のPartridge属tropicoperdix属の配置【JST・京大機械翻訳】

A simple strategy for recovering ultraconserved elements, exons, and introns from low coverage shotgun sequencing of museum specimens: Placement of the partridge genus Tropicoperdix within the galliformes

著者 (6件)： Chen De (MOE Key Laboratory for Biodiversity Science and Ecological Engineering, College of Life Sciences, Beijing Normal University, Beijing 100875, China) ,  Chen De (Department of Biology, University of Florida, Gainesville, FL 32611, USA) ,  Braun Edward L. (Department of Biology, University of Florida, Gainesville, FL 32611, USA) ,  Forthman Michael (Department of Entomology & Nematology, University of Florida, Gainesville, FL 32611, USA) ,  Kimball Rebecca T. (Department of Biology, University of Florida, Gainesville, FL 32611, USA) ,  Zhang Zhengwang (MOE Key Laboratory for Biodiversity Science and Ecological Engineering, College of Life Sciences, Beijing Normal University, Beijing 100875, China)
資料名： Molecular Phylogenetics and Evolution  (Molecular Phylogenetics and Evolution)
巻： 129  ページ： 304-314  発行年： 2018年 
JST資料番号： W1678A  ISSN： 1055-7903  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 次世代DNA配列決定(NGS)は,生物間の系統発生的関係を理解するための大量のオーソログ遺伝子座を得るための有望な方法を提供する。特に興味があるのは古い博物館試料と分解DNAを持つ他の試料であり,そこでは伝統的な配列決定法が挑戦的であることが証明されている。低被覆率ショットガン配列決定と配列捕捉は,分解DNAのための2つの広く使用されているNGSアプローチである。配列捕捉は多数のオーソログ遺伝子座に対する配列データを得ることができるが,それはプローブとして用いることができる保存された配列の近くのゲノム領域を配列するために用いることができる。低被覆率ショットガン配列決定はゲノム全体を通して異なるデータ型を得る可能性を有する。しかしながら,この方法を用いた多くの研究は,しばしばミトコンドリア配列と少数の核配列を生成し,オーソログ核配列が回復しにくいことを示唆している。系統発生学的位置が現在不明なガリフォーム属Tropicoperixの系統発生位置を決定するために,2種のTropicoperixからの約100年齢の博物館試料からの低被覆率ショットガン配列からのデータ抽出を最大化する2つの戦略を探索した。1つのアプローチ,単純な読み込みマッピング戦略は,他(減少した複雑性組立アプローチ)を実行し,多くの超音波要素(UCE)遺伝子座,比較的保存されたエキソン,より可変なイントロン,およびミトコンドリアゲノムを得ることを可能にした。さらに,分解DNAの使用から生じる可能性のあるアーチファクトを調べるためのいくつかの簡単なアプローチを示した。著者らのデータは,観賞植物(peafowl,argus pheeas,およびpeacock pheeas)で特徴付けられる多くの分類群を含むクレード内にTropicoperixを置き,属内の種間の関係を確立した。したがって,著者らの研究は,低被覆率ショットガン配列決定が,かなりの量と様々なタイプのデータを得るために容易に活用できることを示した。これは,博物館試料からの異なるデータタイプからの情報を必要とする多くの研究課題に対する扉を開く。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *イントロン ,  アーチファクト ,  ゲノム ,  *被覆率 ,  捕獲 ,  観賞植物 ,  ミトコンドリア ,  DNA【核酸】 ,  プローブ ,  *博物館 ,  系統発生
準シソーラス用語： クレード ,  複雑性 ,  オルソログ ,  DNA配列 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： シーケンス捕捉 ,  複雑さを低減した組立 ,  リードマッピング ,  ミトコンドリアゲノム ,  Phasianidae

分類 (1件)： 進化論一般  (EC03010Q)

タイトルに関連する用語 (8件)： 博物館 ,  標本 ,  被覆率 ,  ショットガン ,  元素 ,  エキソン ,  イントロン ,  戦略