分子電子密度誘導原子電荷による自由エネルギー計算から得たメチル化DNA塩基の分配係数【JST・京大機械翻訳】

Lara A.; Riquelme M.; Vohringer-Martinez E.

文献

J-GLOBAL ID：201802283620103580 整理番号：18A1640752

分子電子密度誘導原子電荷による自由エネルギー計算から得たメチル化DNA塩基の分配係数【JST・京大機械翻訳】

Partition coefficients of methylated DNA bases obtained from free energy calculations with molecular electron density derived atomic charges

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巻： 39 号： 22 ページ： 1728-1737 発行年： 2018年
JST資料番号： C0111B ISSN： 0192-8651 CODEN： JCCHDD 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

分配係数は,異なる物質の疎水性を予測するための薬理学および環境科学として様々な分野で役立つ。最近,それらは種々の有機化合物,特にメチル化DNA塩基に対する力場の精度に取り組むために使用されている。本研究では,原子電荷を,真空中での電子構造計算により得られた電子密度から,陰的溶媒和モデルまたは溶質と溶媒の動力学を考慮した明示的溶媒和により,直接的に異なる分配法(Hirshfeldと最小Basis Iterativeストックホルダ)により導出した。凝縮相に対する力場における静電相互作用を記述するこれらの電荷の能力を試験するために,AMBER99力場の元の原子電荷を新しい原子電荷と置換し,分子動力学シミュレーションにより水和及びクロロホルム溶媒和自由エネルギーを得るために異なる溶媒モデルと組み合わせた。得られた自由エネルギーから得られたクロロホルム-水分配係数を,GAFFまたはAMBER-99力場で得られた実験値および以前に報告された値と比較した。結果は,溶媒による電子密度の分極を考慮したとき,実験データとの良好な一致が得られ,溶質の電子密度を分極するのに必要なエネルギーが移動自由エネルギーで考慮されるときに得られることを示した。これらの結果は,極性および芳香族アミノ酸側鎖類似体の水和自由エネルギーによってさらに確認された。2つの分割法,Hirshfeld-Iと最小基底状態保持器(MBIS)の比較は,この方法で用いた不安定な孤立したアニオン性窒素プロ原子に関連するHirshfeld-I法におけるいくつかの欠陥を明らかにした。陰的溶媒和モデルによる分極を説明するMBIS分配法からの原子電荷で得られた水和自由エネルギーと分配係数は実験値と良く一致した。Copyright 2018 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

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溶液論一般 , 分子・遺伝情報処理

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