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J-GLOBAL ID：201802283815917387   整理番号：18A0643020

リン含有ピリミジン系CDK9阻害剤の分子ドッキング,3D-QSARおよび分子動力学シミュレーション【JST・京大機械翻訳】

Molecular Docking, QSAR and Molecular Dynamics Simulation on Phosphorus Containing Pyrimidines as CDK9 Inhibitors

著者 (6件)： Tang Guanghui (重慶理工大学薬学与生物工程学院,重慶,400054) ,  Zhang Ya (重慶理工大学薬学与生物工程学院,重慶,400054) ,  Zhang Yuping (重慶理工大学薬学与生物工程学院,重慶,400054) ,  Zhou Pengpeng (重慶理工大学薬学与生物工程学院,重慶,400054) ,  Lin Zhihua (重慶理工大学薬学与生物工程学院,重慶,400054) ,  Wang Yuanqiang (重慶理工大学薬学与生物工程学院,重慶400054;薬物化学与分子薬理学重慶市重点実験室,重慶400054)
資料名： Gaodeng Xuexiao Huaxue Xuebao  (Gaodeng Xuexiao Huaxue Xuebao)
巻： 38  号： 11  ページ： 2061-2069  発行年： 2017年 
JST資料番号： C2116A  ISSN： 0251-0790  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： 本研究では,64種類のリン酸化ピリミジン系細胞周期依存性蛋白質キナーゼ(CDK9)小分子阻害剤を選択し,分子ドッキング法を用いて,この小分子とCDK9の結合作用を研究した。分子構造、水素結合形成、疎水性及びアミノ酸残基Cys106は、これらの抑制剤とCDK9の結合過程において重要な役割を果たしている。配位子の重合に基づいて,分子構造と阻害活性の間の関係を,比較分子場分析(CoMFA),比較分子類似性指数分析(CoMSIA),およびTopomer CoMFA(T-COMFA)を用いて研究した。訓練セットの立体場,静電場と疎水性場の組合せによるCoMSIAモデルが最適モデルであることを見出した。内部交差検証の相関係数(Q2=0.557)、非交差検証相関係数(R2=0.959)と外部予測相関係数(r2=0.863)は統計学的意義を持ち、このモデルの三次元等値線図は化合物の活性とその三次元構造の関係を直観的に示した。これらの結果に基づいて,新しい構造を有する10種類のリン含有ピリミジン化合物を設計し,分子ドッキングと分子動力学シミュレーションの結果は,新化合物とCDK9の結合モードが元の化合物64と同じであることを示した。自由エネルギー分析により、新化合物64dのCDK9抑制活性は化合物64より優れており、リン含有基と残基Asp109の静電場が化合物とCDK9の作用過程において重要な役割を果たしていることが分かった。Data from Wanfang. Translated by JST【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 疎水性 ,  自由エネルギー ,  モデリング ,  アミノ酸残基 ,  小分子 ,  分子構造 ,  *リン ,  静電場 ,  水素結合 ,  三次元 ,  相関係数 ,  *計算機シミュレーション
準シソーラス用語： CoMSIA ,  CoMFA ,  *分子動力学シミュレーション ,  *分子ドッキング ,  *阻害剤 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： Cyclin dependent kinase ( CDK9 ) inhibitor ,  Surflex-dock ,  Comparative molecular field analysis (CoMFA) ,  Comparative molecular similarity indices analysis(CoMSIA) ,  Topomer CoMFA ,  Molecular dy-namics

分類 (3件)： その他の汚染原因物質  (SB05040W) ,  薬物の構造活性相関  (GV01050B) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (6件)： リン ,  ピリミジン ,  Cdk9 ,  阻害剤 ,  分子ドッキング ,  分子動力学シミュレーション