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J-GLOBAL ID：201802284110166094   整理番号：18A0725690

長さ重みづけ反転問題によるソーティングのための把持に基づく発見的方法【JST・京大機械翻訳】

A GRASP-Based Heuristic for the Sorting by Length-Weighted Inversions Problem

著者 (3件)： Arruda Thiago da Silva (Institute of Computing, University of Campinas, Campinas, Sao Paulo, Brazil) ,  Dias Ulisses (Faculty of Technology, University of Campinas, Limeira, Sao Paulo, Brazil) ,  Dias Zanoni (Institute of Computing, University of Campinas, Campinas, Sao Paulo, Brazil)
資料名： IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics  (IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics)
巻： 15  号： 2  ページ： 352-363  発行年： 2018年 
JST資料番号： W1409A  ISSN： 1545-5963  CODEN： ITCBCY  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ゲノム再編成は進化過程でゲノムに影響する大規模変異イベントである。したがって,これらの突然変異は点突然変異と異なる。それらは,遺伝子を一つの場所から他に移動させることができ,いくつかの遺伝子の配向を変化させるか,または染色体の数を変化させることができる。本研究では,ゲノムにおけるDNA配列のセグメントが逆転するときに起こる反転事象を扱う。著者らのモデルにおいて,各インバージョンは逆セグメントにおける要素の数をコストする。ここでは,組合せ最適化問題に対する解を見出すために日常的に使用されている,Green Randomized Adaptive Search Procedure(GRASP)と呼ばれるメタヒューリスティックに基づくこの問題に対する新しいアルゴリズムを提案した。本質的に,各反復法がその近傍を調べる実行可能な解を受け取る反復過程を実行した。著者らの解析は,著者らが有意なマージンによって他の方式を上回ることを示した。また,Yersinia属における種のサブセットに対する系統樹を構築するために,著者らのアルゴリズムを用いて,著者らの樹木を文献における他の結果と比較した。Copyright 2018 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 系統樹 ,  ゲノム ,  組合せ最適化問題 ,  アルゴリズム ,  逐次近似 ,  Yersinia ,  変異 ,  部分集合 ,  *発見的方法 ,  *ソーティング ,  点突然変異 ,  *重みづけ ,  突然変異
準シソーラス用語： DNA配列 ,  ゲノム再編成 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (3件)： 音響信号処理  (BB03050C) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  パターン認識  (JE07000S)

タイトルに関連する用語 (6件)： 重みづけ ,  反転 ,  問題 ,  ソーティング ,  把持 ,  発見的方法