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J-GLOBAL ID：201802284128715458   整理番号：18A1293365

非チフス性Salmonella entericaの全ゲノム配列からの表現型抗菌剤耐性プロファイルの予測【JST・京大機械翻訳】

Prediction of Phenotypic Antimicrobial Resistance Profiles From Whole Genome Sequences of Non-typhoidal Salmonella enterica

著者 (17件)： Neuert Saskia (National Institute for Health Research Health Protection Research Unit in Gastrointestinal Infections, University of Liverpool) ,  Neuert Saskia (Bacteriology Reference Department, National Infection Service, Public Health England) ,  Nair Satheesh (Bacteriology Reference Department, National Infection Service, Public Health England) ,  Day Martin R. (Bacteriology Reference Department, National Infection Service, Public Health England) ,  Doumith Michel (Bacteriology Reference Department, National Infection Service, Public Health England) ,  Ashton Philip M. (Bacteriology Reference Department, National Infection Service, Public Health England) ,  Mellor Kate C. (Department of Pathobiology and Population Sciences, Royal Veterinary College) ,  Mellor Kate C. (London School of Hygiene & Tropical Medicine) ,  Jenkins Claire (National Institute for Health Research Health Protection Research Unit in Gastrointestinal Infections, University of Liverpool) ,  Jenkins Claire (Bacteriology Reference Department, National Infection Service, Public Health England) ,  Hopkins Katie L. (Bacteriology Reference Department, National Infection Service, Public Health England) ,  Woodford Neil (Bacteriology Reference Department, National Infection Service, Public Health England) ,  de Pinna Elizabeth (Bacteriology Reference Department, National Infection Service, Public Health England) ,  Godbole Gauri (National Institute for Health Research Health Protection Research Unit in Gastrointestinal Infections, University of Liverpool) ,  Godbole Gauri (Bacteriology Reference Department, National Infection Service, Public Health England) ,  Dallman Timothy J. (National Institute for Health Research Health Protection Research Unit in Gastrointestinal Infections, University of Liverpool) ,  Dallman Timothy J. (Bacteriology Reference Department, National Infection Service, Public Health England)
資料名： Frontiers in Microbiology (Web)  (Frontiers in Microbiology (Web))
巻： 9  ページ： 592  発行年： 2018年 
JST資料番号： U7080A  ISSN： 1664-302X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 非腸typho性Salmonella enterica(NTS)における抗微生物薬耐性(AMR)のサーベイランスは,食物連鎖からヒトへの耐性の伝達をモニターし,効果的な治療プロトコルを確立するために不可欠である。全ゲノム配列決定(WGS)に由来する遺伝子型プロファイルからNTSにおける表現型抵抗性の予測を評価した。2014年4月~2015年3月の間に,公衆衛生イングランドの胃腸細菌基準ユニットによって受けた3,491のNTS分離株からのWGSデータにおいて,表現型耐性の原因となる遺伝子および染色体突然変異を調査した。推定された遺伝子型AMRプロファイルを,EUCASTガイドラインを用いて15の抗菌薬に対して決定された表現型感受性と比較した。1つまたはそれ以上の抗菌剤に対する表現型と遺伝子型プロファイル間の不一致が76分離株(2.18%)に対して検出されたが,88/52,365(0.17%)分離株/抗微生物組合せは不一致であった。離散的結果のうち,最大数はストレプトマイシンと関連していた(67.05%,n=59)。Pan感受性は2,190分離株(62.73%)で観察された。全体として,テトラサイクリンに対する耐性は最も一般的であり(分離株の26.27%,n=917),次いでスルホンアミド(23.72%,n=828)およびアンピシリン(21.43%,n=748)が続いた。多剤耐性(MDR),すなわち3つ以上の抗菌クラスに対する耐性は,アンピシリン,ストレプトマイシン,スルホンアミドおよびテトラサイクリンに対する耐性を有する848分離株(24.29%)で検出され,最も一般的なMDRプロファイル(n=231;27.24%)であった。このプロファイルを持つ分離株については,全てがS.Typhimuriumで,94.81%(n=219)は抵抗性決定因子bla_TEM-1,strA-strB,sul2およびtet(A)を有していた。拡張スペクトルβ-ラクタマーゼ遺伝子は41分離株(1.17%)で同定され,染色体遺伝子の多重変異は82分離株(2.35%)のシプロフロキサシン耐性に関連した。本研究は,WGSが公衆衛生監視のためのNTSのAMRパターンを決定する迅速な手段として適していることを示した。Copyright 2018 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *表現型 ,  ヒト ,  感受性 ,  *サルモネラ属 ,  抗微生物作用 ,  *抗細菌薬 ,  公衆衛生 ,  多剤耐性 ,  遺伝子 ,  スルホンアミド ,  アミノ酸 ,  芳香族化合物 ,  ラクタム ,  硫黄複素環化合物 ,  第一アミン ,  エノール ,  芳香族ケトン ,  フェノール類 ,  カルボアミド ,  エノン ,  芳香族縮合化合物 ,  アミノアルコール ,  ケト酸 ,  ジケトン ,  第三アミン ,  ヒドロキシ酸 ,  ヒドロキシケトン ,  ポリオール ,  アミノ糖 ,  糖アルコール ,  ピラノシド ,  フラノシド ,  グルコシド ,  三糖類
準シソーラス用語： 分離株 ,  *Salmonella enterica , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 抗菌薬耐性 ,  多剤耐性 ,  非チフス性Salmonella enterica ,  全ゲノム配列決定 ,  公衆衛生監視 ,  一つの健康

分類 (2件)： 感染症・寄生虫症一般  (GD01010H) ,  微生物感染の生理と病原性  (EG03053T)

物質索引 (3件)： アンピシリン ,  テトラサイクリン ,  ストレプトマイシン

タイトルに関連する用語 (8件)： チフス ,  Salmonella ,  ゲノム配列 ,  表現型 ,  抗菌剤 ,  耐性 ,  プロファイル ,  予測