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J-GLOBAL ID：201802284318621574   整理番号：18A0492201

DEEPAligner:後成的特徴を整列させるへの経路の深度符号化【Powered by NICT】

DEEPAligner: Deep encoding of pathways to align epigenetic signatures

著者 (2件)： Visakh R. (Department of Computer Science and Engineering, NIT Calicut, Kerala, India) ,  Abdul Nazeer K.A. (Department of Computer Science and Engineering, NIT Calicut, Kerala, India)
資料名： Computational Biology and Chemistry  (Computational Biology and Chemistry)
巻： 72  ページ： 87-95  発行年： 2018年 
JST資料番号： H0201B  ISSN： 1476-9271  CODEN： COCHDK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 最近,差次的DNAメチル化は生物学的経路の調節機構に影響を及ぼすことが知られている。経路は与えられた生物学的機能を実行する相互作用遺伝子あるいは遺伝子産物のセットを含んでいる。経路はしばしば生物学的に異なるサブタイプを同定する事を可能とする強いメチル化シグネチャをコードしていた。MeDIP seqおよびMBD イソラテドゲノム配列決定(MiGS)のような次世代配列決定技術は臨床的および生物学的サブタイプのゲノムワイド同定を可能にしたが,経路を横切る後成的信号を比較するために計算方法の差し迫った必要性がある。DEEPAligner(Deepコードされる後成的経路アライナ)と呼ばれる新しいアラインメント法を経路ネットワークからの後成的特徴の機能的に満足し,位相音配列を見出すことを本論文で提案した。機能的一貫性と局所トポロジーの類似性のための整列した経路からの後成的特徴を得るために使用される,深打ち(深埋設)フレームワーク。四ベンチマーク癌データセット上での実験である癌特異的とを横切る癌サブタイプに保存されている後成的特徴を明らかにした。提案した深い埋め込みフレームワークは,生物学的並びに構造オルソロジーの配列した高度にコヒーレントな特徴を得た。最新ネットワークアラインメント法との比較は,提案した方法がトポロジー的および機能的により一貫したアラインメント得ることが示唆された。http://bdbl.nitc.ac.in/DEEPAlignerCopyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 類似性 ,  相互作用 ,  ネットワーク ,  *符号化 ,  生物活性 ,  メチル化 ,  ベンチマーク ,  コヒーレンス ,  遺伝子 ,  アラインメント ,  位相幾何学
準シソーラス用語： オルソログ ,  サブタイプ ,  遺伝子産物 ,  DNAメチル化 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： エピジェネティクス ,  経路経路相互作用ネットワーク ,  差次的遺伝子発現 ,  差次的遺伝子メチル化 ,  深部符号化

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (4件)： 整列 ,  経路 ,  深度 ,  符号化