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J-GLOBAL ID：201802284556780489   整理番号：18A0969743

配列電荷修飾は本質的に無秩序な蛋白質におけるコイル-グロビュール転移を指示する【JST・京大機械翻訳】

Sequence charge decoration dictates coil-globule transition in intrinsically disordered proteins

著者 (2件)： Firman Taylor (Molecular and Cellular Biophysics, University of Denver, Denver, Colorado 80208, USA and Department of Physics and Astronomy, University of Denver, Denver, Colorado 80208, USA) ,  Ghosh Kingshuk (Molecular and Cellular Biophysics, University of Denver, Denver, Colorado 80208, USA and Department of Physics and Astronomy, University of Denver, Denver, Colorado 80208, USA)
資料名： Journal of Chemical Physics  (Journal of Chemical Physics)
巻： 148  号： 12  ページ： 123305-123305-11  発行年： 2018年 
JST資料番号： C0275A  ISSN： 0021-9606  CODEN： JCPSA6  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 温度及び電荷配列の関数として無秩序蛋白質を記述するために適用可能なヘテロポリマの立体配座を計算するための解析理論を提示した。この理論は,温度を変化させたときの与えられた蛋白質配列に対するコイル-小球体転移を記述し,本質的に無秩序な蛋白質(IDP)の全原子モンテカルロシミュレーション(Campariを用いて)に対してベンチマーキングされた。さらに,モデルは,同じ電荷組成を維持しながら,一次配列における電荷配置の微妙な変化が,コイル(純粋にランダムコイル上に膨潤した)と同じように,立体配座の著しい変化をもたらすことを定量的に示した。この理論は,温度(または溶液条件)と電荷修飾を調整することにより,これらの変化を制御(強化または抑制)する方法に関する洞察を提供する。応用として,DisProtデータベースにおける全ての自然発生IDPの立体配座(室温で)の分布を予測し,正と負の電荷の類似組成を持つIDP間でも顕著なサイズ変化を認めた。これに基づき,DisProtデータベースにおける蛋白質に対する配列-立体配座関係を明らかにする新しい状態を提示した。次に,IDP立体配座に及ぼす翻訳後修飾,例えばリン酸化の影響を研究した。2部位リン酸化と同じ程度の修飾は,一定(温度,塩濃度など)で,IDPのサイズを有意に変化させることができた。しかしながら,全ての可能な修飾部位は蛋白質立体配座に同じ影響を持たない;立体配座の最大変化を引き起こす可能性のある「ホットスポット」がある。親配列におけるこれらの「ホットスポット」の位置は,最初にSawleとGhoshによって導入された配列電荷修飾計量を用いて容易に同定できる。ハイスループットレベルにおけるIDPの立体配座(拡張及び崩壊状態の両方)を予測するモデルの能力は,リン酸化/電荷変異がIDP機能を制御する異なる機構に対する価値ある洞察を提供することができる。(翻訳著者抄録)【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ホットスポット ,  翻訳後修飾 ,  *コイル-グロビュール転移 ,  アミノ酸配列 ,  *電荷 ,  ミクロスフェア ,  立体配座 ,  データベース ,  *タンパク質 ,  リン酸化 ,  変異 ,  モデル ,  膨潤
準シソーラス用語： 蛋白質立体配座 ,  モンテカルロシミュレーション , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  高分子の立体構造  (CG02031G)

タイトルに関連する用語 (4件)： 電荷 ,  修飾 ,  蛋白質 ,  コイル-グロビュール転移