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J-GLOBAL ID：201802285494969134   整理番号：18A0380732

遺伝子型のランダム性を考慮したいくつかの個体群における関節全ゲノム予測:階層的BayesアプローチII:モデルの完全な族に対するマーカー効果と導出近似Bayesと分数Bayes因子の多変量スパイクとスラブ事前分布【Powered by NICT】

Joint genome-wide prediction in several populations accounting for randomness of genotypes: A hierarchical Bayes approach. II: Multivariate spike and slab priors for marker effects and derivation of approximate Bayes and fractional Bayes factors for the complete family of models

著者 (5件)： Martinez Carlos Alberto (Department of Animal Sciences, University of Florida, Gainesville, FL, USA) ,  Martinez Carlos Alberto (Department of Statistics, University of Florida, Gainesville, FL, USA) ,  Khare Kshitij (Department of Statistics, University of Florida, Gainesville, FL, USA) ,  Banerjee Arunava (Department of Computer and Information Science and Engineering, University of Florida, Gainesville, FL, USA) ,  Elzo Mauricio A. (Department of Animal Sciences, University of Florida, Gainesville, FL, USA)
資料名： Journal of Theoretical Biology  (Journal of Theoretical Biology)
巻： 417  ページ： 131-141  発行年： 2017年 
JST資料番号： A0288B  ISSN： 0022-5193  CODEN： JTBIA  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 本研究で,集団ゲノムワイド予測における遺伝子型のランダム性を考慮したBayes多重回帰モデルの開発に向けた姉妹論文の第二の部分に対応する。ファミリーのモデルが,個体群内の不均一および相関マーカー効果と対立遺伝子頻度を考慮し,以前の補完を必要とせずに遺伝子座のサブセットにおける失われた遺伝子型と非遺伝子型個体と個体の記録を考慮して,帰属遺伝子型に関する不確実性を考慮する能力を持っている。多変量スパイクを考慮し,マーカー対立遺伝子置換効果のためのスラブ条件付き前処理により,このファミリーのモデルを拡張し,第一部からのモデルとそのヌルバージョンをここで開発したものを比較するため近似Bayes因子と分数Bayes因子の導出を含んでいた。これらヌルバージョンは,個体群の不均一性を無視したが,遺伝子型のランダム性を考慮した単純なモデルに対応している。各マーカー遺伝子座では,事前分布のスパイク成分はS,Sは,個体群の数が0で点質量に対応し,スラブ成分はS-変量Gauss分布は,独立した条件付き事前分布を仮定した。Gauss成分に対して,全てのマーカーで同じまたは各マーカーに対して異なることを仮定した共分散行列。ヌルモデルでは,事前分布は,これらの有限混合分布の単変量バージョンを簡単にした。Bayes因子と部分的Bayes因子のための近似代数式をLaplace近似を用いて見出した。パートIで述べたシミュレーションデータセットを用いて,これらのモデルは二乗Pearson相関,逸脱情報量規準,ベイズ因子,及び分数Bayes因子に基づく予測性能の測度を用いたパートIで得られたモデルを実装し,比較した。ここで提示した拡張は,現在多くのモデリングオプションを提供するという意味で,より柔軟なものにしているゲノムワイド予測モデルのファミリーを拡大した。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 測度 ,  部分集合 ,  *個体群 ,  *遺伝子型 ,  *予測 ,  不確実性 ,  正規分布 ,  予測モデル ,  *ゲノム ,  対立遺伝子 ,  *近似法 ,  不均一性
準シソーラス用語： 共分散行列 ,  *事前分布 ,  *ランダム性 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： Bayes全ゲノム回帰 ,  有限混合事前分布 ,  遺伝的不均一性 ,  Laplace近似 ,  多集団ゲノム利用予測

分類 (4件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  集団遺伝学  (EC01040J) ,  植物に対する影響  (EE04030Z) ,  遺伝的変異  (EC01030Y)

タイトルに関連する用語 (16件)： 遺伝子型 ,  ランダム性 ,  個体 ,  関節 ,  ゲノム ,  予測 ,  モデル ,  マーカー ,  導出 ,  近似 ,  分数 ,  因子 ,  多変量 ,  スパイク ,  スラブ ,  事前分布