溶液中の高度に類似した阻害剤と複合体を形成した蛋白質における立体配座差を検出するためのNMR戦略【JST・京大機械翻訳】

Persons John D.; Khan Shahid N.; Ishima Rieko

文献

J-GLOBAL ID：201802285827899007 整理番号：18A1688688

溶液中の高度に類似した阻害剤と複合体を形成した蛋白質における立体配座差を検出するためのNMR戦略【JST・京大機械翻訳】

An NMR strategy to detect conformational differences in a protein complexed with highly analogous inhibitors in solution

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巻： 148 ページ： 9-18 発行年： 2018年
JST資料番号： W0241A ISSN： 1046-2023 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：オランダ (NLD) 言語：英語 (EN)

この論文は,阻害剤がサブナノモル解離定数で蛋白質に強固に結合し,互いに高度に類似しているとき,蛋白質阻害剤複合体の立体配座の違いを調べるためのNMR戦略を提示する。HIV-1プロテアーゼ(PR)を用いて,いくつかのDRV類似体阻害剤に結合したPRのアミド化学シフト差ΔCSPを評価し,阻害剤の化学的部分変異[Khan,S.N,Persons,J.D.Paulsen,J.L.,Guerrero,M.,Schifffer,C.A.,Kurt-Yilmaz,N.,およびIsland,R.,BiBio,(2018),57,1652-1662]により引き起こされる長距離立体配座変化を調べた。しかしながら,ΔCSPは,阻害剤の電子遮蔽の本質的な違いが蛋白質ΔCSPに影響するため,微妙なPr阻害剤界面の違いを調べるのに理想的ではない。NMR緩和は,類似のPr-阻害剤複合体間の剛性領域における小さな立体配座の違いを検出するのに十分ではないので,適切ではない。したがって,阻害剤-蛋白質界面における立体配座の違いについての洞察を得るために,PRの15N-半分フィルターNOESYスペクトルを2つの高度に類似した阻害剤に結合させ,PRアミドプロトンとヒドロキシル側鎖の間,およびPRアミドプロトンと水プロトンの間のNOEsを評価した。また,2D水-NOE/ROE実験を用いて,PRアミド-水NOEを検証した。おそらくアミド-蛋白質水素結合による水-アミドプロトンNOEピークの違いがサブユニットAとサブユニットBの間,およびDRV結合型と類似の阻害剤結合型の間で観察され,これは遠隔立体配座変化に寄与する可能性がある。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

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酵素一般

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