文献

J-GLOBAL ID：201802285856318517   整理番号：18A1133142

クラウディング閉じ込め条件下でのDNA凝縮の複雑な相転移【JST・京大機械翻訳】

Complex phase transition of DNA condensation under crowding confinement conditions

著者 (10件)： Gu Lingyun (School of Physics and Electronic Science, Guizhou Normal University, Guiyang 550025, China) ,  Gu Lingyun (College of Physics, Guizhou University, Guiyang, Guizhou, 550025, China) ,  Zhou Qian (College of Physics, Guizhou University, Guiyang, Guizhou, 550025, China) ,  Zhou Haiping (Department of Computer Science and Engineering, Shaoxing University, Shaoxing, 31200, China) ,  Gao Qingqing (College of Physics, Guizhou University, Guiyang, Guizhou, 550025, China) ,  Peng Yixue (College of Physics, Guizhou University, Guiyang, Guizhou, 550025, China) ,  Song Xiaoyi (College of Physics, Guizhou University, Guiyang, Guizhou, 550025, China) ,  Liu Yong (College of Physics, Guizhou University, Guiyang, Guizhou, 550025, China) ,  Zhou Xun (School of Physics and Electronic Science, Guizhou Normal University, Guiyang 550025, China) ,  Liu Yanhui (College of Physics, Guizhou University, Guiyang, Guizhou, 550025, China)
資料名： Physica A. Statistical Mechanics and Its Applications  (Physica A. Statistical Mechanics and Its Applications)
巻： 507  ページ： 489-498  発行年： 2018年 
JST資料番号： D0322B  ISSN： 0378-4371  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 閉じ込め下での多価カチオンによる凝縮過程を支援するクラウディング効果の基礎となる機構はまだ報告されていない。強い相関モデルに基づいて,モンテカルロシミュレーションを実行して,カプセル状空間内のDNA凝縮に及ぼす密集効果を検出し,その幾何学的形状をアスペクト比によって制御した。クラウダーの添加により,球状空間内に閉じ込められた凝縮立体配座(アスペクト比は1)は,クラウダーのないものよりコンパクトになった。DNA凝縮立体配座は,初期ランダムコイル構造からトロイド構造への転移を受け,続いて拡張棒状構造,そして最終的には完全に圧縮された構造になる。ロッド状構造から全体的に圧縮された構造への遷移に対応する臨界体積分率は,比例してクラウダーサイズに比例した。さらに,相転移に対応する臨界体積率は閉込め形状に強く依存し,一定半径の場合の臨界体積率はアスペクト比に逆比例した。逆に,一定の円筒長さの場合は,臨界体積率がアスペクト比に比例することを示した。これらの現象は,体積率とアスペクト比の空間で再表現された対応する相図と一致する。クラウディングに対するDNA凝縮の応答に及ぼす閉込め幾何学とクラウダーサイズの影響を明らかにし,アスペクト比とクラウダーサイズの空間における空間ダイアグラムに一般化した。アスペクト比が1.6より小さく,アスペクト比が2.0nmより大きい場合,またはアスペクト比が≧1.6の場合には,臨界dc*よりも大きい場合には,DNA立体配座は初期ランダムコイル構造からトロイド構造への遷移を受け,全体的に圧縮された構造が続いた。アスペクト比≧1.6とクラウダーサイズ≦dc*のとき,DNA凝縮立体配座は,全体的に圧縮された構造から拡張棒状構造までさらに凝縮される。さらに,全体的に圧縮された構造から拡張された棒状構造への遷移は,完全に,de GennesとOdijkレジームの間のクラウダーサイズと閉じ込め幾何学によるものである。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 円筒 ,  環状体 ,  カプセル ,  *凝縮 ,  アスペクト比 ,  臨界 ,  *相転移 ,  立体配座 ,  体積率 ,  幾何学 ,  *こみあい効果 ,  状態図 ,  カチオン
準シソーラス用語： モンテカルロシミュレーション ,  *DNA凝縮 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： DNA凝縮 ,  相転移 ,  モンテカルロシミュレーション ,  密集効果 ,  閉じ込め

分類 (1件)： 統計力学一般,多体問題  (BA08010Q)

タイトルに関連する用語 (4件)： クラウディング ,  閉じ込め ,  DNA凝縮 ,  相転移