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J-GLOBAL ID：201802286394952509   整理番号：18A1198164

ウシコロナウイルスにおけるコドン使用バイアスのゲノムワイド解析【JST・京大機械翻訳】

Genome-wide analysis of codon usage bias in Bovine Coronavirus

著者 (5件)： Castells Matias (Laboratorio de Virologia Molecular, Sede Salto, Centro Universitario Regional Litoral Norte, Universidad de la Republica, Salto, Uruguay) ,  Victoria Matias (Laboratorio de Virologia Molecular, Sede Salto, Centro Universitario Regional Litoral Norte, Universidad de la Republica, Salto, Uruguay) ,  Colina Rodney (Laboratorio de Virologia Molecular, Sede Salto, Centro Universitario Regional Litoral Norte, Universidad de la Republica, Salto, Uruguay) ,  Musto Hector (Laboratorio de Organizacion y Evolucion del Genoma, Unidad de Genomica Evolutiva, Instituto de Biologia, Facultad de Ciencias, Universidad de la Republica, Montevideo, Uruguay) ,  Cristina Juan (Laboratorio de Virologia Molecular, Centro de Investigaciones Nucleares, Facultad de Ciencias, Universidad de la Republica, Montevideo, Uruguay)
資料名： Virology Journal (Web)  (Virology Journal (Web))
巻： 14  号： 1  ページ： 115  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7347A  ISSN： 1743-422X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】ウシコロナウイルス(BCoV)は,Coonaviridae科のBetacoronavirus属に属する。BCoVは世界中で広く分布しており,ウシの腸内または呼吸器感染症を引き起こし,世界中の牛肉および酪農産業への重要な経済的損失をもたらしている。ウイルスとそれらの宿主の間のコドン利用の関係を研究することは,宿主の免疫系と進化からの宿主-病原体相互作用,回避を理解するために不可欠である。【方法】著者らは,BCoVのコドン使用と組成の包括的分析を行った。【結果】BCoV株間のグローバルコドン使用は類似している。Bos taurus宿主遺伝子のコドン利用に関連したBCoV遺伝子におけるコドン選択の有意差が見出された。高頻度のコドンの大部分はU末端である。G+C組成制約とジヌクレオチド組成もBCoVコドン使用の全体的パターンにおいて役割を果たす。結論:これらの研究の結果は,突然変異バイアスがこのウイルスにおける主要な力形成コドン使用であることを明らかにした。さらに,相対的なジヌクレオチド頻度,地理的分布および進化的過程も,コドン使用パターンに影響を及ぼした。Copyright 2018 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *コドン ,  呼吸器感染症 ,  牛肉 ,  遺伝子 ,  突然変異 ,  ジヌクレオチド ,  酪農 ,  地理的分布 ,  *バイアス
準シソーラス用語： コロナウイルス ,  有意差 ,  宿主病原体相互作用 ,  免疫系 ,  経済損失 ,  ウシコロナウイルス , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： ウシ ,  コロナウイルス ,  コドン使用 ,  進化

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (39件)：

• Arch Virol; Mesoniviridae: a proposed new family in the order Nidovirales formed by a single species of mosquito-borne viruses; C Lauber, J Ziebuhr, S Junglen, C Drosten, F Zirkel, PT Nga, K Morita, EJ Snijder, AE Gorbalenya; 157; 2012; 1623-1628; 10.1007/s00705-012-1295-x; CR1;
• Virus Res; Nidovirales: evolving the largest RNA virus genome; AE Gorbalenya, L Enjuanes, J Ziebuhr, EJ Snijder; 117; 2006; 17-37; 10.1016/j.virusres.2006.01.017; CR2;
• Exp Biol Med; Coronavirus diversity, phylogeny and interspecies jumping; PCY Woo, SKP Lau, Y Huang, KY Yuen; 234; 2009; 1117-1127; 10.3181/0903-MR-94; CR3;
• Nat Med; Severe acute respiratory syndrome; JSM Peiris, Y Guan, KY Yuen; 10; 2004; S88-S97; 10.1038/nm1143; CR4;
• N Engl J Med; Isolation of a novel coronavirus from a man with pneumonia in Saudi Arabia; AM Zaki, S Boheemen, TM Bestebroer, ADME Osterhaus, RAM Fouchier; 367; 2012; 1814-1820; 10.1056/NEJMoa1211721; CR5;

タイトルに関連する用語 (5件)： ウシコロナウイルス ,  コドン ,  バイアス ,  ゲノム ,  解析