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J-GLOBAL ID：201802286626775243   整理番号：18A1141216

14q32における刷り込み非コード化ゲノムクラスタは複数の独立したデータセットを横断する骨肉腫における臨床的に関連する分子サブタイプを定義する【JST・京大機械翻訳】

An imprinted non-coding genomic cluster at 14q32 defines clinically relevant molecular subtypes in osteosarcoma across multiple independent datasets

著者 (24件)： Hill Katherine E. (Hematology-Oncology, Cancer Center, Beth Israel Deaconess Medical Center, Harvard Medical School, Boston, USA) ,  Hill Katherine E. (Department of Molecular Biology, Princeton University, Princeton, USA) ,  Kelly Andrew D. (Fels Institute for Cancer Research and Molecular Biology, Lewis Katz School of Medicine, Temple University, Philadelphia, USA) ,  Kuijjer Marieke L. (Department of Biostatistics and Computational Biology, Dana-Farber Cancer Institute, Boston, USA) ,  Barry William (Department of Biostatistics and Computational Biology, Dana-Farber Cancer Institute, Boston, USA) ,  Rattani Ahmed (Department of Medicine, Mount Auburn Hospital, Cambridge, USA) ,  Garbutt Cassandra C. (Center for Sarcoma and Connective Tissue Oncology, Department of Orthopedics, Massachusetts General Hospital, Harvard Medical School, Boston, USA) ,  Kissick Haydn (Department of Urology, Medical School, Emory University, Atlanta, USA) ,  Janeway Katherine (Department of Pediatric Oncology, Boston Children’s Hospital, Harvard Medical School, Boston, USA) ,  Perez-Atayde Antonio (Department of Pathology, Boston Children’s Hospital, Harvard Medical School, Boston, USA) ,  Goldsmith Jeffrey (Department of Pathology, Boston Children’s Hospital, Harvard Medical School, Boston, USA) ,  Gebhardt Mark C. (Orthopedics, Cancer Center, Beth Israel Deaconess Medical Center, Harvard Medical School, Boston, USA) ,  Arredouani Mohamed S. (Surgery, Cancer Center, Beth Israel Deaconess Medical Center, Harvard Medical School, Boston, USA) ,  Cote Greg (Cancer Center, Division of Hematology and Oncology, Massachusetts General Hospital, Harvard Medical School, Boston, USA) ,  Hornicek Francis (Center for Sarcoma and Connective Tissue Oncology, Department of Orthopedics, Massachusetts General Hospital, Harvard Medical School, Boston, USA) ,  Choy Edwin (Cancer Center, Division of Hematology and Oncology, Massachusetts General Hospital, Harvard Medical School, Boston, USA) ,  Duan Zhenfeng (Center for Sarcoma and Connective Tissue Oncology, Department of Orthopedics, Massachusetts General Hospital, Harvard Medical School, Boston, USA) ,  Quackenbush John (Department of Biostatistics and Computational Biology, Dana-Farber Cancer Institute, Boston, USA) ,  Haibe-Kains Benjamin (Princess Margaret Cancer Centre, University Health Network, Toronto, Canada) ,  Haibe-Kains Benjamin (Department of Medical Biophysics, University of Toronto, Toronto, Canada) ,  Haibe-Kains Benjamin (Department of Computer Science, University of Toronto, Toronto, Canada) ,  Haibe-Kains Benjamin (Ontario Institute of Cancer Research, Toronto, Canada) ,  Spentzos Dimitrios (Center for Sarcoma and Connective Tissue Oncology, Department of Orthopedics, Massachusetts General Hospital, Harvard Medical School, Boston, USA) ,  Spentzos Dimitrios (Hematology-Oncology, Cancer Center, Beth Israel Deaconess Medical Center, Harvard Medical School, Boston, USA)
資料名： Journal of Hematology & Oncology (Web)  (Journal of Hematology & Oncology (Web))
巻： 10  号： 1  ページ： 107  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7517A  ISSN： 1756-8722  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】刷込14q32 MEGA3領域におけるマイクロRNA(miRNA)収集は,骨肉腫における結果と関連している。このmiRNAセットの臨床的有用性とメチル化状態との関連を評価した。【方法】著者らは,3つの独立した臨床骨肉腫コホート(n=65,n=27,n=25)からのコード化および非コードRNAデータと,1つのin vitro(19の細胞株)および1つの臨床的(NCI治療的に適用可能な研究(TARGET)骨肉腫データセット,n=80)データセットからのmiRNAおよびメチル化データを統合した。著者らは,時間依存性受信者動作特性(tdROC)分析を用いて,高および低リスク骨肉腫腫瘍の符号化および非コード化転写プログラムを比較するために,候補miRNAプロファイルおよび機械学習アプローチの臨床価値を評価した。細胞系及びTARGETデータセットにおいて,14q32におけるMEGA3インプリンティング制御領域のメチル化パターン及びmiRNA発現及び腫瘍攻撃性との関連を研究した。【結果】tdROC分析において,14q32に関するmiRNAセットは,3つの臨床データセットにおける再発と生存のための強い識別力を示した。高または低リスク腫瘍分類は,異なるマイクロRNAセットまたは分類法を用いることに対してロバストであった。機械学習アプローチにより,全ゲノムmiRNAプロファイル及びmiRNA調節ネットワークは2つの結果グループ間で全く異なり,mRNAプロファイルはmiRNAと一致する様式で試料を分類し,潜在的分子サブタイプを示唆した。さらに,miRNA発現パターンは,高攻撃性対低攻撃性細胞系の比較において再現性があった。また,ME3特異的メチル化領域(DMR)におけるメチル化パターンは,低攻撃性細胞系からの高攻撃性を識別し,細胞系および大TARGET臨床データセットの両方において,いくつかの14q32miRNAの発現と関連していた。利用可能なCpGアレイ被覆の限界内で,既知のエンハンサー遮断因子,CTCFによる非コードRNAクラスターの潜在的メチル化感受性調節を観察した。【結論】14q32非コード領域におけるインプリンティング/メチル化変化の損失は,明確な転写プログラムおよび生物学的および臨床的挙動を有する以前に認識されていない骨肉腫サブタイプを定義する。将来の研究は,14q32刷り込み,非コードRNA発現,ゲノムエンハンサー結合,および腫瘍攻撃性の間の正確な関係を定義し,初期および進行期患者の両方に対する治療的意味がある。Copyright 2018 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *符号化 ,  調節遺伝子 ,  患者 ,  *クラスタ ,  *ゲノム ,  メチル化 ,  ロバスト性 ,  時間依存性 ,  感受性 ,  母集団 ,  再現性 ,  治療法 ,  mRNA ,  *骨肉腫
準シソーラス用語： マイクロRNA , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 骨肉腫の予後 ,  分子サブタイプ ,  マイクロRNA発現 ,  メチル化 ,  インプリンティングの損失

分類 (2件)： 腫ようの化学・生化学・病理学  (GE02030N) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (57件)：

• Cancer; Osteosarcoma incidence and survival rates from 1973 to 2004: data from the Surveillance, Epidemiology, and End Results Program; L Mirabello, RJ Troisi, SA Savage; 115; 7; 2009; 1531-1543; 10.1002/cncr.24121; CR1;
• Sarcoma; Using epidemiology and genomics to understand osteosarcoma etiology; SA Savage, L Mirabello; 2011; 2011; 548151; 10.1155/2011/548151; CR2;
• J Clin Oncol; Methotrexate, doxorubicin, and cisplatin (MAP) plus maintenance pegylated interferon alfa-2b versus MAP alone in patients with resectable high-grade osteosarcoma and good histologic response to preoperative MAP: first results of the EURAMOS-1 good response randomized controlled trial; SS Bielack, S Smeland, JS Whelan, N Marina, G Jovic, JM Hook, MD Krailo, M Gebhardt, Z Papai, J Meyer; 33; 20; 2015; 2279-2287; 10.1200/JCO.2014.60.0734; CR3;
• J Clin Oncol; Neoadjuvant chemotherapy with methotrexate, cisplatin, and doxorubicin with or without ifosfamide in nonmetastatic osteosarcoma of the extremity: an Italian sarcoma group trial ISG/OS-1; S Ferrari, P Ruggieri, G Cefalo, A Tamburini, R Capanna, F Fagioli, A Comandone, R Bertulli, G Bisogno, E Palmerini; 30; 17; 2012; 2112-2118; 10.1200/JCO.2011.38.4420; CR4;
• J Clin Oncol; Ifosfamide in the neoadjuvant treatment of osteogenic sarcoma; RG Maki; 30; 17; 2012; 2033-2035; 10.1200/JCO.2012.42.3285; CR5;

タイトルに関連する用語 (10件)： 刷り込み ,  ゲノム ,  クラスタ ,  データセット ,  骨肉腫 ,  臨床 ,  分子 ,  サブ ,  タイプ ,  定義