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J-GLOBAL ID：201802286956005165   整理番号：18A0435823

TCA沈殿蛋白質洗浄のための新規薬剤の研究多分光分析によるモルテングロビュール状態に対するエタノール/HClの役割への包括的洞察【Powered by NICT】

Study of a novel agent for TCA precipitated proteins washing - comprehensive insights into the role of ethanol/HCl on molten globule state by multi-spectroscopic analyses

著者 (9件)： Eddhif Balkis (Institut de Chimie des Milieux et des Materiaux de Poitiers (IC2MP), Universite de Poitiers, CNRS, Equipe Eaux, Biomarqueurs, Contaminants Organiques, Milieux, (E-BiCOM), 4 rue Michel Brunet, TSA 51106, F-86073 Poitiers, France) ,  Lange Justin (Institut de Chimie des Milieux et des Materiaux de Poitiers (IC2MP), Universite de Poitiers, CNRS, Equipe Eaux, Biomarqueurs, Contaminants Organiques, Milieux, (E-BiCOM), 4 rue Michel Brunet, TSA 51106, F-86073 Poitiers, France) ,  Guignard Nadia (Institut de Chimie des Milieux et des Materiaux de Poitiers (IC2MP), Universite de Poitiers, CNRS, Equipe Site Actif au Materiau Catalytique (SAMCat), 4 rue Michel Brunet, TSA 51106, F-86073 Poitiers, France) ,  Batonneau Yann (Institut de Chimie des Milieux et des Materiaux de Poitiers (IC2MP), Universite de Poitiers, CNRS, Equipe Site Actif au Materiau Catalytique (SAMCat), 4 rue Michel Brunet, TSA 51106, F-86073 Poitiers, France) ,  Clarhaut Jonathan (Institut de Chimie des Milieux et des Materiaux de Poitiers (IC2MP), Universite de Poitiers, CNRS, Equipe Synthese Organique, groupe “Systemes Moleculaires Programmes”, 4 rue Michel Brunet, TSA 51106, F-86073 Poitiers, France) ,  Clarhaut Jonathan (CHU de Poitiers, 2 rue de la Mileterie, CS 90577, F-86021 Poitiers, France) ,  Papot Sebastien (Institut de Chimie des Milieux et des Materiaux de Poitiers (IC2MP), Universite de Poitiers, CNRS, Equipe Synthese Organique, groupe “Systemes Moleculaires Programmes”, 4 rue Michel Brunet, TSA 51106, F-86073 Poitiers, France) ,  Geffroy-Rodier Claude (Institut de Chimie des Milieux et des Materiaux de Poitiers (IC2MP), Universite de Poitiers, CNRS, Equipe Eaux, Biomarqueurs, Contaminants Organiques, Milieux, (E-BiCOM), 4 rue Michel Brunet, TSA 51106, F-86073 Poitiers, France) ,  Poinot Pauline (Institut de Chimie des Milieux et des Materiaux de Poitiers (IC2MP), Universite de Poitiers, CNRS, Equipe Eaux, Biomarqueurs, Contaminants Organiques, Milieux, (E-BiCOM), 4 rue Michel Brunet, TSA 51106, F-86073 Poitiers, France)
資料名： Journal of Proteomics  (Journal of Proteomics)
巻： 173  ページ： 77-88  発行年： 2018年 
JST資料番号： T0073A  ISSN： 1874-3919  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 質量分析に基づくプロテオミクスのための試料調製は,信頼性のあるデータを確保するための重要なステップである。ゲルフリー実験ワークフローでは,蛋白質精製はしばしばトリクロロ酢酸(TCA)を用いた沈殿段階から始まる。TCAの存在下で,蛋白質はペレットは蛋白質分解消化とMS分析のための水性緩衝液中で可溶化を困難にしている安定なモルテングロビュール状態中に析出する。これに関連して,本研究の目的は,TCA沈殿蛋白質の洗浄のための新しい剤,エタノール/HClの適合性を調べることであった。この方法は水性緩衝液(50~96%)における蛋白質の回収を最適化した電流有機溶媒は材料の損失をもたらした。機構研究に続いて,TCA沈殿蛋白質の立体配座に及ぼすエタノール/HClの影響を調べた。試薬はTCA安定化モルテングロビュールの変性を誘発し,特定Ramanシグネチャで特徴づけられ,これは蛋白質その後の再可溶化に有利であった可逆的中間体にあることが示された。最後に,生物膜,土壌またはマウス肝臓から抽出したTCA沈殿蛋白質の洗浄のためのエタノール/HClの効率を実証した(識別子PXD008110とProteomeXchangeを介して利用可能なデータ)。汎用性と簡便性のあるであること,高品質の蛋白質抽出物を生成するエタノール/HCl洗浄段階を含めるために大いに興味あるであろう。質量分析に基づくプロテオミクスワークフローでは,蛋白質沈殿および/または洗浄は,通常,アセトンの使用を含んでいる。実際では,この溶媒は生物学的intereferences(例えば脂質)及び蛋白質抽出/精製プロトコル(例えばTCA,SDS)で採用されている化学物質の両方の除去に有効である。しかし,アセトンの使用は,かなりの蛋白質損失につながる可能性がある。さらに,蛋白質はTCAで沈殿した場合,アセトン処理沈殿物を分散し,水性緩衝液中の蛋白質の貧弱な再可溶化をもたらす硬質のままである。,洗浄TCA沈殿蛋白質のエタノール/HClの使用を調べ,LC-MSによって直接分析することができる高品質の蛋白質抽出物を製造する目的であった。標準溶液による開口研究はエタノール/HClは,通常の溶媒(アセトンとエタノール)と比較して蛋白質の損失低減をもたらすことを示した。試薬も直接トリプシン消化とLC-HRMS分析に必要であることを水性緩衝液中の蛋白質のより良い可溶化を可能にした。,いくつかの分光分析(LC-HRMS,Raman,分光蛍光分析)により実施し,機構的研究では,エタノール/HClによる処理はTCA沈殿蛋白質の立体配座変化を誘導することを示した。最後に,筆者らは,三種の複雑な試料(土壌,生物膜,およびマウス肝臓)からの蛋白質抽出物の洗浄のための公表されたプロトコルにエタノール/HClの効率を比較した。著者らの結果は,エタノール/HClは以前の蛋白質洗浄方法に対する貴重な代替手段であることを証明し,それ故に種々の応用(例えば,臨床研究,化学生物学,環境メタプロテオミクス...)のための質量分析に基づくプロテオミクスワークフローにおける有用なツールになる可能性がある。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： タンパク質分解 ,  *タンパク質 ,  立体配座 ,  プロトコル ,  プロテオミクス ,  信頼性 ,  *塩酸 ,  *沈殿 ,  脂質 ,  質量分析 ,  最適化 ,  可溶化 ,  試料調製 ,  脂肪族ケトン ,  脂肪族アルコール

著者キーワード (6件)： 蛋白質析出 ,  トリクロロ酢酸 ,  モルテングロビュール ,  Solubilization ,  スペクトロスコピー ,  機構

分類 (3件)： 生化学的分析法  (EA03030G) ,  生物学的機能  (EB03040U) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

物質索引 (2件)： アセトン ,  エタノール

タイトルに関連する用語 (12件)： TCA ,  沈殿 ,  蛋白質 ,  洗浄 ,  新規薬剤 ,  研究 ,  分光分析 ,  モルテングロビュール ,  エタノール ,  HCl ,  役割 ,  洞察