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J-GLOBAL ID：201802287182477549   整理番号：18A1295956

SNPを用いたアフリカにおける低地高地生態学に適応した多様なイネ遺伝子型の遺伝的変異と集団構造の評価【JST・京大機械翻訳】

Assessment of Genetic Variation and Population Structure of Diverse Rice Genotypes Adapted to Lowland and Upland Ecologies in Africa Using SNPs

著者 (10件)： Ndjiondjop Marie Noelle (Africa Rice Center (AfricaRice)) ,  Semagn Kassa (Department of Agricultural, Food and Nutritional Science, University of Alberta) ,  Sow Mounirou (AfricaRice) ,  Manneh Baboucarr (AfricaRice) ,  Gouda Arnaud C. (Africa Rice Center (AfricaRice)) ,  Kpeki Sedjro B. (Africa Rice Center (AfricaRice)) ,  Pegalepo Esther (Africa Rice Center (AfricaRice)) ,  Wambugu Peterson (Genetic Resources Research Institute, Kenya Agricultural & Livestock Research Organization) ,  Sie Moussa (AfricaRice) ,  Warburton Marilyn L. (Corn Host Plant Resistance Research Unit, United States Department of Agriculture-Agricultural Research Service)
資料名： Frontiers in Plant Science (Web)  (Frontiers in Plant Science (Web))
巻： 9  ページ： 446  発行年： 2018年 
JST資料番号： U7094A  ISSN： 1664-462X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ドナーとしてOryza glaberrima Steud.を含む種間交雑を用いて,アフリカライスセンターにおけるイネ育種家はアフリカ(NERICA)改良品種のためにいくつかの新しいイネを開発した。種間および種内の品種の数が少ないこともアフリカ(Arica)のための「先進的な氷」として放出されている。本研究の目的は,DArTseqベースの一塩基多型(SNP)を用いて,アフリカにおける330の広く使用されているイネ遺伝子型の遺伝的変異,関連性,および個体群構造を研究することであった。11のARICA,85のNERICAs,62のO.sativa spp. japonica,および172のO.sativa spp. indica遺伝子型のサンプルを,多様性アレイ技術(DArT)ベースの配列決定(DArTseq)プラットフォームを用いて27,560のSNPで遺伝子タイピングした。SNPのほぼ66%は多型性で,そのうち15,020のSNPが12のイネ染色体にマップされた。インディカ,ジャポニカ,アリカ,およびNERICAに属する遺伝子型間の遺伝的距離は0.016から0.623に変化し,それぞれ,0.020から0.692,0.075から0.763,および0.014から0.644まで変化した。遺伝的距離>0.400を持つ遺伝子型の対の割合は,NERICA(対の35.1%)の中で最も大きく,続いてARICA(18.2%),ジャポニカ(17.4%),およびインディカ(5.6%)であった。著者らは,1対のジャポニカ,11対のインディカ,および35対のNERICA遺伝子型が総スコア化対立遺伝子の<2%により異なり,これは同一家系の26対の遺伝子型によるものであることを見出した。クラスタ分析,主成分分析,およびモデルベースの個体群構造分析は,すべて,低地(主にインディカおよび低地NERICA)および高地(ジャポニカおよび高地NERICA)成長生態系に対応する2つの異なるグループを明らかにした。種間低地NERICAsのほとんどは,インディカ遺伝子型と比較して,O.glaberrimaゲノムの違いにより引き起こされるサブグループを形成した。分子分散分析により,低地高地生態系間の非常に大きな遺伝的分化(F_ST=0.688)とクラスタ群内の差に起因する変動の31.2%を明らかにした。15,020SNPの約8%(15020の1,197)は低地高地生態系の間で有意に異なり(P<0.05),高地遺伝子型から低地を明確に識別できる対照的ハプロタイプを形成した。これは,アフリカで広く使用されているインディカおよびジャポニカ品種と比較して,NERICAおよびArica品種を特徴付ける高密度マーカーを用いた最初の研究であり,新しい改良イネ生殖質を開発するための親選択に対するイネ育種を助けることができた。Copyright 2018 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 生態系 ,  *遺伝子型 ,  品種 ,  育種 ,  対立遺伝子 ,  *アフリカ ,  ゲノム ,  クラスタ ,  *高地 ,  主成分分析 ,  イネ属 ,  クラスタ分析 ,  *低地 ,  ハプロタイプ ,  一塩基多型

著者キーワード (6件)： ARICA ,  NERICA ,  Oryza glaberrima ,  遺伝的分化 ,  イネ生態学 ,  SNPs

分類 (1件)： 稲作  (FC03020C)

タイトルに関連する用語 (10件)： SNP ,  アフリカ ,  低地 ,  地生態学 ,  適応 ,  イネ ,  遺伝子型 ,  遺伝的変異 ,  集団構造 ,  評価