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J-GLOBAL ID：201802288497916487   整理番号：18A0966254

ヒト組織における環状RNA発現プロファイルと特徴:RNA-seqデータを用いた研究【JST・京大機械翻訳】

Circular RNA expression profiles and features in human tissues: a study using RNA-seq data

著者 (6件)： Xu Tianyi (Department of Biomedical Engineering, Nanjing University of Aeronautics and Astronautics, Nanjing, China) ,  Wu Jing (Department of Biomedical Engineering, Nanjing University of Aeronautics and Astronautics, Nanjing, China) ,  Han Ping (Department of Gynecology and Obstetrics, The First Affiliated Hospital, Nanjing Medical University, Nanjing, China) ,  Zhao Zhongming (Center for Precision Health, School of Biomedical Informatics, The University of Texas Health Science Center at Houston, Houston, USA) ,  Zhao Zhongming (Human Genetics Center, School of Public Health, The University of Texas Health Science Center at Houston, Houston, USA) ,  Song Xiaofeng (Department of Biomedical Engineering, Nanjing University of Aeronautics and Astronautics, Nanjing, China)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 18  号： 6  ページ： 680  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:循環RNA(circRNA)は,共有的に閉じた連続ループを形成する1種類の非コードRNAである。長い非コードRNA(lncRNA)と同様に,circRNAは遺伝子発現を調節するためにマイクロRNA(miRNA)として作用することができ,その異常な発現はアテローム性動脈硬化症,神経系疾患および癌のような疾患に関連する。これまで,ヒト成体および胎児組織におけるcircRNA豊度および発現プロファイルに関する系統的研究はなかった。【結果】6つの成体および胎児正常組織(結腸,心臓,腎臓,肝臓,肺および胃)および4つの腺正常組織(副腎,乳腺,膵臓および甲状腺)に対するRNA-seqデータを用いて,circRNA発現プロファイルを調査した。全部で8120,25,933および14,433 circRNAsが,それぞれ成体,胎児および腺組織において少なくとも2つの支持接合体により検出された。それらの間で,3092,14,241および6879 circRNAは,公表された結果と比較して新規であった。各成体組織型において,著者らは少なくとも1000個のcircRNAを見出し,そのうち36.97~50.04%が組織特異的であった。著者らは,著者らが調べたすべての成体組織で普遍的に発現された33のcircRNAを報告した。これらのサークルRNAの潜在的「ハウスキーピング」機能をさらに調べるために,17のcircRNA,22のmiRNAおよび90のmRNAを含むcircRNA-miRNA-mRNA調節ネットワークを構築し,さらに,circRNAの豊度と相対的発現レベルの両方が成体組織より胎児組織で高いことを見出した。腺組織,特に乳腺(9665 circRNA候補)におけるcircRNAの数は,他の成体組織(1160~3777)のそれより高かった。【結論】著者らは,様々なヒト成体および胎児組織におけるcircRNA発現を系統的に調査した。成体および胎児組織におけるcircRNAの異なる発現レベルの観察は,circRNAが組織特異的および発生特異的に役割を果たしている可能性があることを示唆し,circRNA-miRNA-mRNAネットワークの解析により,乳腺の高い発現レベルは豊富な神経支配に起因する可能性があることが示唆された。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アテローム性動脈硬化症 ,  mRNA ,  *RNA【核酸】 ,  成体 ,  組織特異性 ,  乳腺 ,  心臓 ,  副腎 ,  *ヒト ,  胎児 ,  神経系疾患 ,  ネットワーク ,  遺伝子発現
準シソーラス用語： マイクロRNA ,  *遺伝子発現プロファイリング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 環状RNA ,  発現プロファイル ,  マイクロRNA ‘sponge ,  組織特異性 ,  規制ネットワーク ,  乳腺

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (38件)：

• RNA; circular RNAs are abundant, conserved, and associated with ALU repeats; WR Jeck, JA Sorrentino, K Wang, MK Slevin, CE Burd, J Liu, WF Marzluff, NE Sharpless; 19; 2; 2013; 141-157; 10.1261/rna.035667.112; CR1;
• Nucleic Acids Res; Characterization of rnase r-digested cellular rna source that consists of lariat and circular rnas from pre-mrna splicing; H Suzuki, Y Zuo, J Wang, MQ Zhang, A Malhotra, A Mayeda; 34; 8; 2006; 10.1093/nar/gkl151; CR2;
• Int J Mol Sci; A view of pre-mrna splicing from rnase r resistant rnas; H Suzuki, T Tsukahara; 15; 6; 2014; 9331-9342; 10.3390/ijms15069331; CR3;
• Cell; Isolation and characterization of Sendai virus DI-RNAs; D Kolakofsky; 8; 4; 1976; 547-555; 10.1016/0092-8674(76)90223-3; CR4;
• Proc Natl Acad Sci U S A; Viroids are single-stranded covalently closed circular RNA molecules existing as highly base-paired rod-like structures; HL Sanger, G Klotz, D Riesner, HJ Gross, AK Kleinschmidt; 73; 11; 1976; 3852-3856; 10.1073/pnas.73.11.3852; CR5;

タイトルに関連する用語 (6件)： ヒト ,  組織 ,  環状RNA ,  発現プロファイル ,  RNA-seq ,  研究