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J-GLOBAL ID：201802288581503496   整理番号：18A1191548

分子動力学シミュレーションによる膜蛋白質の構造精密化【JST・京大機械翻訳】

Structure refinement of membrane proteins via molecular dynamics simulations

著者 (3件)： Dutagaci Bercem (Department of Biochemistry and Molecular Biology, Michigan State University, East Lansing, Michigan, USA) ,  Heo Lim (Department of Biochemistry and Molecular Biology, Michigan State University, East Lansing, Michigan, USA) ,  Feig Michael (Department of Biochemistry and Molecular Biology, Michigan State University, East Lansing, Michigan, USA)
資料名： Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics  (Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics)
巻： 86  号： 7  ページ： 738-750  発行年： 2018年 
JST資料番号： T0761A  ISSN： 0887-3585  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 水溶性蛋白質に対して確立された物理ベース技術に基づく精密化プロトコルを膜蛋白質構造に対して試験した。初期構造は相同性モデリングにより生成し,明示的脂質二重層及び水性溶媒系における分子動力学シミュレーションによりサンプリングした。シミュレーションからのスナップショットを,知識ベースまたは暗黙の膜ベースのスコアリング関数によるスコア化に基づいて選択し,洗練されたモデルを得るために平均化した。このプロトコルは,可溶性蛋白質に対する精製法の性能に類似した膜蛋白質構造の一貫した有意な精密化をもたらした。精製成功は脂質二分子層と水性溶媒の存在下でのサンプリング間で類似していたが,脂質二分子層の存在は脂質面残基の改善に役立つ可能性があった。知識に基づく機能(DFIREとRWplus)による評価は,膜蛋白質相同性モデルの精密化の間に,内部充填の違いが膜に対する配向よりも重要であることを示唆する陰的膜に基づくスコアリング機能を用いた評価と同じであることが分かった。Copyright 2018 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： モデリング ,  知識ベース ,  予測 ,  *計算機シミュレーション ,  *精密化 ,  脂質二分子膜 ,  脂質 ,  *膜タンパク質 ,  相同性
準シソーラス用語： 残基 ,  可溶性蛋白質 ,  スコア化 ,  スコア関数 ,  スナップショット ,  膜蛋白質構造 ,  *分子動力学シミュレーション , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： ホモロジーモデル ,  陰的膜モデル ,  膜蛋白質構造予測 ,  分子動力学シミュレーション

分類 (2件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (3件)： 分子動力学シミュレーション ,  膜蛋白質 ,  構造精密化