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J-GLOBAL ID：201802288641219797   整理番号：18A1722056

Illumina次世代シークエンシングによる少数HIV-1集団検出の精度と感度の評価【JST・京大機械翻訳】

Evaluating the accuracy and sensitivity of detecting minority HIV-1 populations by Illumina next-generation sequencing

著者 (9件)： Kireev D.E. (Central Research Institute of Epidemiology, Moscow, Russia) ,  Lopatukhin A.E. (Central Research Institute of Epidemiology, Moscow, Russia) ,  Murzakova A.V. (Central Research Institute of Epidemiology, Moscow, Russia) ,  Pimkina E.V. (Central Research Institute of Epidemiology, Moscow, Russia) ,  Speranskaya A.S. (Central Research Institute of Epidemiology, Moscow, Russia) ,  Neverov A.D. (Central Research Institute of Epidemiology, Moscow, Russia) ,  Fedonin G.G. (Central Research Institute of Epidemiology, Moscow, Russia) ,  Fantin Yu. S. (Central Research Institute of Epidemiology, Moscow, Russia) ,  Shipulin G.A. (Central Research Institute of Epidemiology, Moscow, Russia)
資料名： Journal of Virological Methods  (Journal of Virological Methods)
巻： 261  ページ： 40-45  発行年： 2018年 
JST資料番号： E0807B  ISSN： 0166-0934  CODEN： JVMEDH  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： DNAとRNAの両方のウイルス標準(pNL4-3とpLAI2)を用いて,深い配列決定の精度と感度を評価した。塩基配列決定精度は核酸のタイプに依存しなかったが,リッドの数とマイナーなウイルス集団に対する感受性の閾値に決定的に依存した。236以上の範囲の被覆率で,ウイルスRNA配列決定の精度は99.9%に等しいか,またはそれを超えて,20%のマイナーヌクレオチドに対する感度閾値を有した。感度閾値が1%以下のとき,被覆率が大きい(9.000読取以上)場合でも,減少した精度動力学は明確に見えた。浮遊感度閾値は,低被覆率(1.500-2.000未満)の場合に,許容レベルに維持されるように配列決定精度を可能にすることが分かった。これらの結果は,特定の数の読取と感度閾値で期待できる品質を示す。深い配列決定は,研究結果の価値を著しく改善することができる非常に強力なツールであるが,その優れた性能にもかかわらず,それは1%以下の小さい個体群に対する感度に関して注意を払う必要がある。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： DNA【核酸】 ,  RNA【核酸】 ,  HIV【ウイルス】 ,  許容量 ,  ヌクレオチド配列 ,  感受性 ,  ヌクレオチド ,  品質 ,  核酸 ,  個体群 ,  *HIV1 ,  被覆率
準シソーラス用語： ウイルスRNA ,  *次世代シークエンシング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： ディープシークエンシング ,  HIV-1 ,  小ウイルス集団 ,  精度 ,  感度

分類 (3件)： ウイルス感染の生理と病原性  (EG04042Y) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  ウイルスの生化学  (EG04030F)

タイトルに関連する用語 (5件)： 次世代シークエンシング ,  HIV-1 ,  集団 ,  感度 ,  評価