MCRICEREPGP:イネにおける性生殖に関連する遺伝子の同定のためのフレームワーク【JST・京大機械翻訳】

Golicz Agnieszka A.; Bhalla Prem L.; Singh Mohan B.

文献

J-GLOBAL ID：201802290600757270 整理番号：18A1782507

MCRICEREPGP:イネにおける性生殖に関連する遺伝子の同定のためのフレームワーク【JST・京大機械翻訳】

MCRiceRepGP: a framework for the identification of genes associated with sexual reproduction in rice

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資料名：
巻： 96 号： 1 ページ： 188-202 発行年： 2018年
JST資料番号： A1374A ISSN： 0960-7412 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：イギリス (GBR) 言語：英語 (EN)

米は重要な穀類作物であり,世界の人口の半分以上の主食であり,穀物形成をもたらす性生殖は世界的な食品安全性を支える。しかしながら,かなりの研究努力にもかかわらず,イネにおける性生殖に関与する多くの遺伝子,特に長い遺伝子間非コードRNA(lincRNA)遺伝子は特性化されていない。利用可能な公共資源の数の増加とともに,異なる供給源からの情報は,遺伝子機能的アノテーションを実行するために結合することができる。著者らは,不均一な証拠を統合し,イネにおける性生殖に関与するコード化およびlincRNA遺伝子を予測するために,多基準決定分析および機械学習を採用する機械学習フレームワーク,MCRiceRepGPの開発を報告する。イネのゲノムは,以前に注釈されていない推定蛋白質コード遺伝子とlincRNAを同定する生殖関連組織/細胞型からの深い配列トランスクリプトームデータを用いて再アノテーションされた。MCRiceRepGPは,性生殖関連コード化とlincRNA遺伝子のゲノムワイド発見のために使用された。同定された蛋白質コード化およびlincRNA遺伝子は,精子細胞において最大発現レベルに達するlincRNAの大きな割合で異なる発現プロファイルを有していた。いくつかの遺伝子は生殖期において雄性および雌性特異的稔性および熱ストレス耐性と潜在的に関連している可能性がある。MCRiceRepGPは,ゲノム全体の関連研究のような他の全ゲノム研究と組み合わせて用いることができ,同定された遺伝子が興味のある生物学的過程と関連するというより大きな信頼性を与える。より多くのデータとして,特に突然変異体植物表現型に関して,MCRiceRepGPの力は成長し,将来の実験の候補遺伝子を同定するツールを提供する。MCRiceRepGPはWebアプリケーションとして利用可能である(http://mcgplannotor,com/MCRiceRepGP/)。Copyright 2018 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

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遺伝子発現 , 稲作

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