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J-GLOBAL ID：201802290853710083   整理番号：18A1594019

例外的に多様な魚クレードハゼ(Actinopterygii:ハゼ科)に関する系統ゲノム解析と分子時計性に基づくデータフィルタリング【JST・京大機械翻訳】

Phylogenomic analysis on the exceptionally diverse fish clade Gobioidei (Actinopterygii: Gobiiformes) and data-filtering based on molecular clocklikeness

著者 (16件)： Kuang Ting (Shanghai Universities Key Laboratory of Marine Animal Taxonomy and Evolution, Shanghai, China) ,  Kuang Ting (Shanghai Collaborative Innovation for Aquatic Animal Genetics and Breeding, Shanghai, China) ,  Kuang Ting (National Demonstration Center for Experimental Fisheries Science Education (Shanghai Ocean University), China) ,  Tornabene Luke (School of Aquatic and Fishery Sciences, University of Washington, Seattle, WA 98105, USA) ,  Li Jingyan (Shanghai Universities Key Laboratory of Marine Animal Taxonomy and Evolution, Shanghai, China) ,  Li Jingyan (Shanghai Collaborative Innovation for Aquatic Animal Genetics and Breeding, Shanghai, China) ,  Li Jingyan (National Demonstration Center for Experimental Fisheries Science Education (Shanghai Ocean University), China) ,  Jiang Jiamei (Shanghai Universities Key Laboratory of Marine Animal Taxonomy and Evolution, Shanghai, China) ,  Jiang Jiamei (Shanghai Collaborative Innovation for Aquatic Animal Genetics and Breeding, Shanghai, China) ,  Jiang Jiamei (National Demonstration Center for Experimental Fisheries Science Education (Shanghai Ocean University), China) ,  Chakrabarty Prosanta (Louisiana State University, Museum of Natural Science, Department of Biological Sciences, Baton Rouge, LA 70803, USA) ,  Sparks John S. (American Museum of Natural History, Central Park West at 79th Street, NY, NY 10024, USA) ,  Naylor Gavin J.P. (University of Florida, Gainesville, FL 3261, USA) ,  Li Chenhong (Shanghai Universities Key Laboratory of Marine Animal Taxonomy and Evolution, Shanghai, China) ,  Li Chenhong (Shanghai Collaborative Innovation for Aquatic Animal Genetics and Breeding, Shanghai, China) ,  Li Chenhong (National Demonstration Center for Experimental Fisheries Science Education (Shanghai Ocean University), China)
資料名： Molecular Phylogenetics and Evolution  (Molecular Phylogenetics and Evolution)
巻： 128  ページ： 192-202  発行年： 2018年 
JST資料番号： W1678A  ISSN： 1055-7903  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 系統発生的関係を推論するためのゲノムスケールデータの利用は,標的遺伝子捕捉および配列決定技術においてなされた進歩により,近年,人気が得られている。データフィルタリング,解析からのモデルと矛盾するデータを除外するアプローチは,系統的推論における系統的誤差によって引き起こされる問題を緩和することができた。進化速度と分子時計類似性に基づくそれらのような異なるデータフィルタリング基準は有用な系統発生マーカーを選択するために提案されているが,系統ゲノムデータを用いてこれらの基準を試験した研究はほとんどない。著者らは,脊椎動物の種に富む系統であるゴボウ魚類における数千の標的遺伝子を捕獲するための単一コピー核符号化マーカーの新規セットを開発し,欠失データの複合効果と遺伝子座長の変化を制御するために,置換率と分子時計に基づくデータフィルタリング法の効果を試験した。この研究において分子マーカーの系統発生的有用性に対する分子時計様性は全体的置換速度よりも優れた予測因子であることを見出した。さらに,著者らの予測子のための100の最良ランク付け遺伝子座を連結し,最大尤度を用いて分析し,または,結果として得られた樹木は,以前の研究とほとんど一致するGobioideiの良く分解されたトポロジーを示した。しかし,100の最小時計から発生した樹木はしばしば相反し,いくつかの場合には強い支持を伴う明確に誤ったトポロジーを示し,これらのデータセットにおいて強い系統的バイアスを示した。これらの結果は,データフィルタリングが,不完全な系統分類が問題である可能性があるシナリオにおいて優先される可能性がある個々の遺伝子ツリーからの入力に依存する方法(すなわち,石炭老化種ツリーアプローチ)と同様に,連結アプローチを用いた場合の系統発生的推論の性能を改善することを示唆した。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *ゲノム ,  老化 ,  系統発生 ,  捕獲 ,  等級づけ ,  体系分類 ,  類似性 ,  最尤法 ,  遺伝子 ,  バイアス ,  *ハゼ科 ,  位相幾何学
準シソーラス用語： 複合作用 ,  *データフィルタリング ,  *分子時計 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 系統ゲノミクス ,  系統学 ,  ハゼ ,  標的遺伝子の濃縮 ,  データフィルタリング ,  分子時計性

分類 (2件)： 動物分類学  (EJ01030T) ,  進化論一般  (EC03010Q)

タイトルに関連する用語 (8件)： 魚 ,  クレード ,  ハゼ ,  ハゼ科 ,  系統 ,  ゲノム解析 ,  分子時計 ,  データフィルタリング