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J-GLOBAL ID：201802291243076333   整理番号：18A1865339

重み付きアンサンブル法により研究した生体分子の立体配座変化 反応座標を抽出するための拡散マップ法の使用【JST・京大機械翻訳】

Conformational change of a biomolecule studied by the weighted ensemble method: Use of the diffusion map method to extract reaction coordinates

著者 (4件)： Fujisaki Hiroshi (Department of Physics, Nippon Medical School, 1-7-1 Kyonan-cho, Musashino, Tokyo 180-0023, Japan) ,  Moritsugu Kei (Graduate School of Medical Life Science, Yokohama City University, 1-7-29 Suehirocho, Tsurumi, Yokohama 230-0045, Japan) ,  Mitsutake Ayori (Department of Physics, School of Science and Technology, Meiji University, 1-1-1 Higashi-Mita, Tama-ku, Kawasaki, Kanagawa 214-8571, Japan) ,  Suetani Hiromichi (Faculty of Science and Technology, Oita University, 700 Dannoharu, Oita 870-1192, Japan)
資料名： Journal of Chemical Physics  (Journal of Chemical Physics)
巻： 149  号： 13  ページ： 134112-134112-10  発行年： 2018年 
JST資料番号： C0275A  ISSN： 0021-9606  CODEN： JCPSA6  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 重み付きアンサンブル法を用いて生体分子の非平衡アンサンブル動力学をシミュレートした。これはHuberとKimによる分子動力学シミュレーションに導入され,Zuckermanと共同研究者によってさらに開発された。その立体配座変化を特性化するための秩序パラメータとして,拡散マップ(DM)法から導いた座標を用いた。具体的な例として,明確な水における小ペプチド,キグノリンの速度論的性質を研究し,非平衡法における折畳み状態とミスフォールド状態の間の立体配座変化を計算した。このようにして得られた遷移時間スケールは,秩序パラメータとして以前に使用された水素結合距離を用いたものに匹敵することを見出した。DM法はペプチドの三次元デカルト座標のみを用いるので,DM法は化学的直感に頼ることなくペプチドの重要な距離情報を抽出できることを示した。時間スケールを,単一長軌道に対する異なる技法,非Markov解析,およびコア集合マイスニングを用いて,以前の結果と良く比較した。また,最も顕著なDM座標はグリシンの二面角を抽出することを見出し,以前に研究した緩和モードは最も有意なDM座標と良く相関した。Copyright 2018 AIP Publishing LLC All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 秩序パラメータ ,  キャラクタリゼーション ,  計算機シミュレーション ,  ペプチド ,  直角座標 ,  *配座転移 ,  非平衡状態 ,  速度論 ,  *反応座標 ,  折畳み ,  緩和現象 ,  三次元 ,  アミノ酸 ,  脂肪族アミン ,  脂肪族カルボン酸
準シソーラス用語： 分子動力学シミュレーション ,  *生体分子 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 反応速度論・触媒一般  (CB06010G) ,  計算機シミュレーション  (JE11000H)

物質索引 (2件)： グリシン ,  キグノリン

タイトルに関連する用語 (6件)： アンサンブル法 ,  研究 ,  生体分子 ,  立体配座変化 ,  反応座標 ,  拡散マップ