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J-GLOBAL ID：201802291857424143   整理番号：18A1071921

リンク予測に基づく加重ヒト遺伝子関連ネットワークの統合【JST・京大機械翻訳】

The integration of weighted human gene association networks based on link prediction

著者 (7件)： Yang Jian (Department of Mathematics, Logistical Engineering University, Chongqing, China) ,  Yang Tinghong (Department of Mathematics, Logistical Engineering University, Chongqing, China) ,  Wu Duzhi (Department of Mathematics, Logistical Engineering University, Chongqing, China) ,  Lin Limei (Department of Mathematics, Logistical Engineering University, Chongqing, China) ,  Yang Fan (Department of Mathematics, Logistical Engineering University, Chongqing, China) ,  Zhao Jing (Department of Mathematics, Logistical Engineering University, Chongqing, China) ,  Zhao Jing (Institute of Interdisciplinary Complex Research, Shanghai University of Traditional Chinese Medicine, Shanghai, China)
資料名： BMC Systems Biology (Web)  (BMC Systems Biology (Web))
巻： 11  号： 1  ページ： 12  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7370A  ISSN： 1752-0509  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】遺伝子または蛋白質間の物理的および機能的相互作用は,細胞機能に対する重要な生物学的意味を有する。複数の生物学的資源を統合することにより重み付き遺伝子関連メタネットワークを構築するためのいくつかの努力がなされており,そこでは重みが相互作用の信頼性を示している。しかしながら,これらの既存のヒト遺伝子関連ネットワークは,非常に限られた重複相互作用のみを共有し,それらの不完全性と雑音を示唆することが分かった。【結果】著者らは,2つの加重特異的PPIネットワークおよび4つの遺伝子関連メタネットワークを含む6つの既存のネットワークの情報を用いて,重みづけされたヒト遺伝子関連ネットワークを構築するためのワークフローを提案した。リンク予測アルゴリズムを適用して,ネットワークの可能な欠落リンクを予測し,各ネットワークを洗練し,最終的に最終統合ネットワークを得るために,最終的に洗練されたネットワークを統合した。結論:洗練されたネットワークの間の一般的な情報は著しく増加し,それらのより高い信頼性を示唆する。著者らの最終統合ネットワークは,ほとんどの元のネットワークよりもはるかに多くのリンクを所有し,一方,そのリンクは依然として高い機能的関連性を維持している。疾患遺伝子予測の事例研究におけるバックグラウンドネットワークとして使用され,最終統合ネットワークは良好な性能を示し,その信頼性と応用意義を意味する。著者らのワークフローは,既存の遺伝子関連データの統合と精製のために洞察できる。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *予測 ,  不整 ,  統合通信網 ,  相互作用 ,  タンパク質 ,  ワークフロー ,  *遺伝子 ,  雑音 ,  事例研究 ,  *ヒト ,  信頼性 ,  *ネットワーク
準シソーラス用語： 疾患遺伝子 ,  予測アルゴリズム ,  *加重 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 遺伝子関連ネットワーク ,  加重ネットワーク ,  リンク予測 ,  ネットワーク統合

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

引用文献 (60件)：

• Nature; Cellular abstractions: Cells as computation; A Regev, E Shapiro; 419; 6905; 2002; 343; 10.1038/419343a; CR1;
• Science; Molecular Networks: The Top-Down View; D Bray; 301; 5641; 2003; 1864-1865; 10.1126/science.1089118; CR2;
• Bull Math Biol; A Modelling Framework for Gene Regulatory Networks Including Transcription and Translation; R Edwards, A Machina, G Mcgregor, PVD Driessche; 77; 6; 2015; 953-983; 10.1007/s11538-015-0073-9; CR3;
• J Mol Biol; The Role of miRNAs in Regulating Gene Expression Networks; AM Gurtan, PA Sharp; 11; 19; 2013; 3582-3600; 10.1016/j.jmb.2013.03.007; CR4;
• Bioinformatics; Gene co-expression network topology provides a framework for molecular characterization of cellular state; SL Carter, CM Brechbühler, M Griffin, AT Bond; 20; 14; 2004; 2242-2250; 10.1093/bioinformatics/bth234; CR5;

タイトルに関連する用語 (6件)： リンク ,  予測 ,  加重 ,  ヒト ,  遺伝子 ,  統合