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J-GLOBAL ID：201802292144107781   整理番号：18A0788457

マルチプラットフォーム配列決定法は仮性狂犬病ウイルスにおける新規トランスクリプトームプロファイルを明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Multi-Platform Sequencing Approach Reveals a Novel Transcriptome Profile in Pseudorabies Virus

著者 (6件)： Moldovan Norbert (Department of Medical Biology, Faculty of Medicine, University of Szeged) ,  Tombacz Dora (Department of Medical Biology, Faculty of Medicine, University of Szeged) ,  Szuecs Attila (Department of Medical Biology, Faculty of Medicine, University of Szeged) ,  Csabai Zsolt (Department of Medical Biology, Faculty of Medicine, University of Szeged) ,  Snyder Michael (Department of Genetics, School of Medicine, Stanford University) ,  Boldogkoei Zsolt (Department of Medical Biology, Faculty of Medicine, University of Szeged)
資料名： Frontiers in Microbiology (Web)  (Frontiers in Microbiology (Web))
巻： 8  ページ： 2708  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7080A  ISSN： 1664-302X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 第三世代配列決定は,転写産物アイソフォームおよび重複転写産物の同定を含むことができないいくつかの問題を解決することができる新興技術である。本研究では,Oxfordナノ細孔技術ミニオン,PacBio RS-II,およびIllina HiScanSQプラットフォームを含む,偽狂犬病ウイルス(PRV)トランスクリプトームの分析のための長い読み取り配列を用いた。また,得られたデータを確認するために,結果の比較のための以前の短い読み取りおよび長い読み取り配列研究からのデータを用いた。著者らの研究は19の以前に未知の推定蛋白質コード遺伝子を同定し,それらの全ては以前に注釈されたより長いPRV遺伝子の5′短縮型であった。さらに,転写が検出されなかったウイルスゲノムのそれらの部分によりコードされたRNA分子と同様に,フレーム内ORF,アンチセンスRNAを含まない5′および3′切断転写物を含む19の非コードRNAを検出した。本研究はまた,転写開始と末端変異体を含む3つの複雑な転写産物と50の異なる長さアイソフォームの同定を導いた。また,121の新規転写産物重複を検出し,PRVの複製起源を重複する2つの転写物を検出した。さらに,in silico分析は145の上流ORFを明らかにし,その多くは転写物のより長い5′アイソフォームに位置していた。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝子 ,  タンパク質 ,  Aujeszky病 ,  アンチセンスRNA ,  *ウイルス ,  RNA【核酸】 ,  *トランスクリプトーム ,  複製起点 ,  *仮性狂犬病ウイルス
準シソーラス用語： in silico ,  非翻訳RNA ,  ウイルスゲノム ,  ナノ細孔 ,  アイソフォーム ,  転写産物 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： ヘルペスウイルス ,  仮性狂犬病ウイルス ,  ロングリード配列決定 ,  ショートリード配列決定 ,  トランスクリプトーム解析 ,  RNAシークエンシング

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (2件)： マルチプラットフォーム ,  仮性狂犬病ウイルス