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J-GLOBAL ID：201802296694276466   整理番号：18A0378593

広範囲中和抗体の相対的結合自由エネルギーの自由エネルギー摂動計算とHIV-1のgp120糖蛋白質【Powered by NICT】

Free Energy Perturbation Calculation of Relative Binding Free Energy between Broadly Neutralizing Antibodies and the gp120 Glycoprotein of HIV-1

著者 (16件)： Clark Anthony J. (Department of Chemistry, Columbia University, 3000 Broadway, MC 3178, New York, NY 10027, USA) ,  Gindin Tatyana (Department of Pathology, Columbia University Medical Center, 630 W. 168th St, New York, NY 10032, USA) ,  Zhang Baoshan (Vaccine Research Center, NIAID, National Institutes of Health, 40 Convent Drive, Bethesda, MD 20892, USA) ,  Wang Lingle (Schrodinger Inc., 120 W 45th Street, New York, NY 10036, USA) ,  Abel Robert (Schrodinger Inc., 120 W 45th Street, New York, NY 10036, USA) ,  Murret Colleen S. (Department of Chemistry, Columbia University, 3000 Broadway, MC 3178, New York, NY 10027, USA) ,  Xu Fang (Department of Chemistry, Columbia University, 3000 Broadway, MC 3178, New York, NY 10027, USA) ,  Bao Amy (Vaccine Research Center, NIAID, National Institutes of Health, 40 Convent Drive, Bethesda, MD 20892, USA) ,  Lu Nina J. (Vaccine Research Center, NIAID, National Institutes of Health, 40 Convent Drive, Bethesda, MD 20892, USA) ,  Zhou Tongqing (Vaccine Research Center, NIAID, National Institutes of Health, 40 Convent Drive, Bethesda, MD 20892, USA) ,  Kwong Peter D. (Department of Biochemistry and Biophysics, Columbia University Medical Center, 701 West 168th Street, New York, NY 10032, USA) ,  Kwong Peter D. (Vaccine Research Center, NIAID, National Institutes of Health, 40 Convent Drive, Bethesda, MD 20892, USA) ,  Shapiro Lawrence (Department of Biochemistry and Biophysics, Columbia University Medical Center, 701 West 168th Street, New York, NY 10032, USA) ,  Shapiro Lawrence (Vaccine Research Center, NIAID, National Institutes of Health, 40 Convent Drive, Bethesda, MD 20892, USA) ,  Honig Barry (Department of Biochemistry and Molecular Biophysics, Center for Computational Biology and Bioinformatics, Department of Systems Biology, Department of Medicine, Howard Hughes Medical Institute, Columbia University, 1130 Street Nicholas Avenue, Room 815, New York, NY 10032, USA) ,  Friesner Richard A. (Department of Chemistry, Columbia University, 3000 Broadway, MC 3178, New York, NY 10027, USA)
資料名： Journal of Molecular Biology  (Journal of Molecular Biology)
巻： 429  号： 7  ページ： 930-947  発行年： 2017年 
JST資料番号： D0124B  ISSN： 0022-2836  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 抗体と抗原間の相対的結合親和性の直接計算は念願の目標である。しかし,かなりの努力にもかかわらず,一般的に適用可能な計算法は報告されていない。ここで我々は,系統的自由エネルギー摂動(FEP)プロトコルを記述し,HIV-1のgp120エンベロープ糖蛋白質とVRC01クラスの三広域中和抗体(broadly neutralizing antibodies:bNAbs)間の結合親和性を計算した。プロトコルをモデル化蛋白質-蛋白質相互作用に関連した課題に対処するために小分子の研究から採用した。具体的には,三抗体gp120複合体の相同性モデルを構築し,大きなかさ高い残基のためのサンプリング時間を延長して,gp120の表面上のグリカンのモデリングを導入し,サンプリングを改善するために連続体溶媒ループ予測プロトコルを利用した。三実験的表面プラズモン共鳴データセット,antibody/gp120界面における抗体残基をアラニンに変異したを示した。これらの実験に比べてFEP試験の大規模集合(55症例),0.68kcal/molのRMS誤差は実験精度近傍であり,単純な,経験的方法から得られた結果と比較した。~2=0.49,グリカン接触を持つ残基を含む複合データセットの相関係数は抗体最適化プロジェクトのための残基の選択を導く,このレベルの精度は,前向き予測で実現できると仮定することに十分であるべきである。より一般的には,これらの結果は,蛋白質-蛋白質結合親和性の大きさを計算するためのFEPアプローチを用いる可能性に関して有望なものであった。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 最適化 ,  小分子 ,  *糖タンパク質 ,  プロトコル ,  *HIV1 ,  複合体 ,  *抗体 ,  *自由エネルギー ,  相同性 ,  *中和抗体 ,  界面
準シソーラス用語： グリカン ,  残基 ,  結合親和性 ,  *HIVエンベロープ蛋白質gp120 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 計算化学 ,  結合親和性の最適化 ,  物理ベースモデル ,  錬金術的FEP ,  蛋白質構造予測

分類 (2件)： ウイルスの生化学  (EG04030F) ,  抗原・抗体・補体の生化学  (ED04020L)

タイトルに関連する用語 (8件)： 中和抗体 ,  結合自由エネルギー ,  自由エネルギー ,  摂動 ,  計算 ,  HIV-1 ,  gp120 ,  糖蛋白質