特許
J-GLOBAL ID：201803004235494745
階層的転置索引表を使用したDNAアラインメント
発明者：
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出願人/特許権者：
代理人 (2件)：
山川 茂樹
, 山川 政樹
公報種別：公表公報
出願番号（国際出願番号）：特願2018-520481
公開番号（公開出願番号）：特表2018-535484
出願日： 2016年10月21日
公開日（公表日）： 2018年11月29日
要約：
検索配列を基準データに適合させるのに使用可能である階層的索引表を構築するためのシステム及び方法。索引表は、所与の長さの全ての副配列の網羅的なリストに関連付けられたエントリを含むように構築され得、各エントリは、基準データ内の各副配列の適合の数及び場所を含む。階層的索引表は、反復的な方法で構築され得、各延長された副配列に対するエントリは、それぞれの閾値のセットの各々より大きい適合の数に基づいて、選択的かつ反復的に構築される。階層的索引表を使用して、検索配列と基準データとの間の適合について検索し得、かつ各それぞれの候補適合に不適合識別及び特徴付けを実行し得る。【選択図】図4
請求項（抜粋）：
検索配列を基準データに適合させるための方法であって、
演算装置により、
a)基準データをメモリ内に保存することと、
b)前記基準データに基づいて階層的索引表を作成することであって、前記作成することが、前記階層的索引表内の複数のレベルで複数のエントリを作成することを含み、nがゼロでない正の整数である各それぞれのレベルnでのエントリに対して、前記作成することが、閾値より大きい前記それぞれのレベルnのエントリの適合基準に応答して、前記階層的索引表内のそれぞれのレベルnのエントリに対する追加のn+1レベルのエントリを作成することを含む、作成することと、
c)検索配列を特定する入力を受信することと、
d)前記階層的索引表を使用して、前記検索配列の小区分の適合について前記基準データを検索することと、を実行することを含む、方法。
IPC (2件)：
FI (3件)：
G06F19/22
, G06F17/30 170F
, G06F17/30 414A
