特許

J-GLOBAL ID：201803014078323619

ペプチド帰属方法及びペプチド帰属システム

発明者： 村瀬 雅樹 ,  吉沢 明康 ,  田中 耕一
出願人/特許権者： 株式会社島津製作所
代理人 (2件)： 吉本 力 ,  新宅 将人
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2016-172523
公開番号（公開出願番号）：特開2018-040572
出願日： 2016年09月05日
公開日（公表日）： 2018年03月15日
要約：

【課題】より短い部分配列から高感度でペプチド配列を決定することができるペプチド帰属方法及びペプチド帰属システムを提供する。【解決手段】質量スペクトルに含まれる少なくとも一部のピーク又はプリカーサイオンを基点として、デノボシーケンシング法により複数の部分配列21,22を推定する。推定された複数の部分配列21,22を全て含む全長配列からなるタンパク質をタンパク質配列データベースから検索する。検索されたタンパク質の全長配列のうち、複数の部分配列21,22を全て含む範囲の最小ペプチド配列20を、当該複数の部分配列21,22のいずれか1つが最小ペプチド配列20の一端を構成し、他の1つが最小ペプチド配列20の他端を構成するように決定する。最小ペプチド配列20に対するN末端側及びC末端側の少なくとも一方の配列24,25を伸長し、プリカーサイオン質量に対応するペプチド配列を候補配列として選択する。【選択図】 図3

請求項（抜粋）：

ペプチド試料に対して質量分析を行う質量分析ステップと、 前記質量分析ステップにより得られた質量スペクトルに含まれる少なくとも一部のピーク又はプリカーサイオンを基点として、デノボシーケンシング法により複数の部分配列を推定する部分配列推定ステップと、 複数種類のタンパク質の全長配列が格納されているタンパク質配列データベースから、前記部分配列推定ステップにより推定された複数の部分配列を全て含む全長配列からなるタンパク質を検索するデータベース検索ステップと、 前記データベース検索ステップにより検索されたタンパク質の全長配列のうち、前記複数の部分配列を全て含む範囲の最小ペプチド配列を、当該複数の部分配列のいずれか1つが前記最小ペプチド配列の一端を構成し、他の1つが前記最小ペプチド配列の他端を構成するように決定する最小ペプチド配列決定ステップと、 前記データベース検索ステップにより検索されたタンパク質の全長配列、及び、最小ペプチド配列決定ステップにより決定された最小ペプチド配列に基づいて、前記最小ペプチド配列に対するN末端側及びC末端側の少なくとも一方の配列を伸長し、前記質量分析ステップにより得られたプリカーサイオン質量に対応するペプチド配列を候補配列として選択する候補配列選択ステップとを含むことを特徴とするペプチド帰属方法。

IPC (1件)：

G01N 27/62

FI (2件)：

G01N27/62 V ,  G01N27/62 D

Fターム (4件)：

2G041CA01 ,  2G041FA13 ,  2G041KA01 ,  2G041LA07