- 2022 - 2026 氷河・積雪生態系における雪氷藻類へのツボカビ感染症の動態解明
- 2022 - 2025 遺伝的多様性と種多様性を種内集団構造によって結びつける
- 2020 - 2024 森林から生活圏に移動・沈着する放射性物質の把握とその影響の多面的評価
- 2020 - 2022 氷河生態系の鍵を握る雪氷藻類寄生性ツボカビの実態解明
- 2018 - 2020 ソテツ類の適応的な多様化により、生態的種分化のゲノムメカニズムを明らかにする
- 2017 - 2020 確率的進化-適応進化-生態的動態の相互作用による分布限界の成立機構の解明
- 2016 - 2020 森林生態系に沈着した放射性Csの再分配過程と生物群集への影響に関する研究
- 2013 - 2018 住家性ジャコウネズミのインド洋沿岸域における超域的な人為移動のプロセスの解明
- 2014 - 2018 食物網構造を組み入れた全球的な群集の多様性創出機構の解明
- 2013 - 2017 葉食性昆虫の大発生に強い健全な森林生態系に関する研究
- 2012 - 2016 福島原発事故で沈着した137Csの集水域生態系における移動の実態把握とモデル化
- 2012 - 2015 農林生態系における天敵多様性の生態系機能
- 2012 - 2014 GenBankデータに基づく全球スケールでの微生物多様性分布の解明
- 2010 - 2011 空間版コアレセント理論を用いた群集集合の形成機構の解明
- 2009 - 2010 森林土壌における物質循環活性の変化に伴う微生物の進化と群集構造の関係
- 2007 - 2008 森林地下圏における物質循環網を駆動する微生物群集の空間構造の解明
- 2006 - 2008 森林生態系における大型植食者による生物多様性維持機構の実験的解明
- 2005 - 2007 森林の空間構造が植物-植食者-寄生蜂群集の動態に及ぼす影響の機械的解明
- 1999 - 2001 大規模野外操作系を用いた森林-河川生態系の相互補償係の実験的検証
- 1999 - 2001 森林樹木・林冠におけるガス交換
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