研究者
J-GLOBAL ID：201901010486229870   更新日: 2024年11月06日

坂本 美佳

Sakamoto Mika
所属機関・部署：
国立遺伝学研究所 大量遺伝情報研究室

国立遺伝学研究所 大量遺伝情報研究室 について


職名： 特任研究員
研究分野 (3件)： ゲノム生物学 ,  生命、健康、医療情報学 ,  法医学
競争的資金等の研究課題 (2件)：
  • 2024 - 2026 赤潮原因藻ヘテロシグマの赤潮形成期における増殖加速機構の解明を目指した研究
  • ヒト薬物代謝関連遺伝子変異がタンパク質機能と構造に及ぼす影響の生命情報学解析
論文 (23件)：
  • Yuki Matsumoto, Claire Yik-Lok Chung, Sachiko Isobe, Mika Sakamoto, Xiao Lin, Ting-Fung Chan, Hideki Hirakawa, Genki Ishihara, Hon-Ming Lam, Shinobu Nakayama, et al. Chromosome-scale assembly with improved annotation provides insights into breed-wide genomic structure and diversity in domestic cats. Journal of advanced research. 2024
  • Yuki Matsumoto, Claire Yik-Lok Chung, Sachiko Isobe, Mika Sakamoto, Xiao Lin, Ting-Fung Chan, Hideki Hirakawa, Genki Ishihara, Hon-Ming Lam, Shinobu Nakayama, et al. Chromosome-scale assembly with improved annotation provides insights into breed-wide genomic structure and diversity in domestic cats. Journal of Advanced Research. 2024
  • Hiroto Toyoda, Akiyoshi Tani, Yuko Goto-Koshino, Tomoki Motegi, Mika Sakamoto, Takako Mochizuki, Kei Harada, Tetsuya Kobayashi, Asuka Setoguchi, Yohei Shizuta, et al. Gene expression profiles associated with early relapse during first remission induction in canine multicentric high-grade B-cell lymphoma. The Journal of veterinary medical science. 2023
  • Takako Mochizuki, Mika Sakamoto, Yasuhiro Tanizawa, Takuro Nakayama, Goro Tanifuji, Ryoma Kamikawa, Yasukazu Nakamura. A practical assembly guideline for genomes with various levels of heterozygosity. Briefings in Bioinformatics. 2023. 24. 6
  • Fumitaka Shitamori, Ayaka Nonogaki, Tomoki Motegi, Yuki Matsumoto, Mika Sakamoto, Yasuhiro Tanizawa, Yasukazu Nakamura, Tomohiro Yonezawa, Yasuyuki Momoi, Shingo Maeda. Large-scale epidemiological study on feline autosomal dominant polycystic kidney disease and identification of novel PKD1 gene variants. Journal of feline medicine and surgery. 2023. 25. 7. 1098612X231185393
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MISC (27件)：
  • 神川龍馬, 坂本美佳, 中村保一. ヒト以外の遺伝子に関連する研究 光合成能喪失によるゲノム進化:従属栄養性珪藻を例に. 遺伝子医学. 2024. 14. 2
  • 望月孝子, 坂本美佳, 谷澤靖洋, 中山卓郎, 谷藤吾朗, 神川龍馬, 中村保一. 様々なヘテロ接合性レベルを持つゲノムで検証された実用的なアセンブリガイドライン. 育種学研究. 2024. 26
  • 坂本美佳, 松前ひろみ, 小木曽映里, 望月孝子, 谷澤靖洋, KRYUKOV Kirill, 今西規, 豊田敦, 亀井克彦, 細矢剛, et al. 新規遺伝子アノテーションで明らかになるスエヒロタケ複数株におけるゲノム構成の違い. 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2023. 46th
  • 谷澤靖洋, 川村省吾, ROMANI Facundo, 矢倉勝, 望月孝子, 坂本美佳, 山岡尚平, 西浜竜一, 中村保一, 大和勝幸, et al. Marpolbase:ゼニゴケのための遺伝子情報および発現量データベースの開発. 日本植物生理学会年会(Web). 2023. 64th
  • 岩崎美雪, 梶原智明, 安居佑季子, 吉竹良洋, 宮崎基, 川村昇吾, 末次憲之, 末次憲之, 西浜竜一, 西浜竜一, et al. 苔類ゼニゴケの性染色体上の性決定因子の同定. 日本植物学会大会研究発表記録(CD-ROM). 2022. 86th
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書籍 (1件)：
  • 独習Pythonバイオ情報解析 : Jupyter、NumPy、pandas、Matplotlibを理解し、実装して学ぶシングルセル、RNA-Seqデータ解析
    羊土社 2021 ISBN:9784758122498
講演・口頭発表等 (22件)：
  • 新規遺伝子アノテーションで明らかになるスエヒロタケ複数株におけるゲノム構成の違い
    (第46回日本分子生物学会年会 2023)
  • アノテーションソースの裏側(仮)
    (遺伝研研究会「アノテーソン2023」 2023)
  • 細胞内共生画像におけるクロレラ検出 AI の構築
    (第6回植物インフォマティクス研究会 2023)
  • Development of a mammalian genome annotation database
    (ワークショップ ThermusQ 高度好熱菌研究を切り拓くネオテクノロジー 2023)
  • Genome Analysis of Eukaryotes ~Chromosome-level assembly of domestic cat genome~
    (Thailand-Japan Bilateral Workshop on Bioinformatics and Bioresources 2022 2023)
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Works (2件)：
  • DockerとRでMariaDBを使う
    坂本美佳 2021 - 現在
  • Rで表形式データを扱ってみる
    坂本美佳 2021 - 現在
学歴 (3件)：
  • 2015 - 2019 お茶の水女子大学大学院 人間文化創成科学研究科 ライフサイエンス専攻 疾患予防科学領域(博士)
  • 2013 - 2015 放送大学大学院 文化科学研究科 自然環境科学プログラム(修士)
  • 1987 - 1991 埼玉大学 理学部 生化学科
学位 (1件)：
  • 博士(理学)
経歴 (8件)：
  • 2024/10 - 現在 高知大学 理工学部 情報科学科 非常勤講師
  • 2019/04 - 現在 国立遺伝学研究所 情報研究系 大量遺伝情報研究室 特任研究員
  • 2017/07 - 2019/03 国立成育医療研究センター研究所 メディカルゲノムセンター
  • 2015/04 - 2017/06 (株)日本バイオデータ
  • 2011/10 - 2015/03 中央大学 理工学部生命科学科(原山研究室) 技術員
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受賞 (1件)：
  • 2017 - 特定非営利活動法人 並列生物情報処理イニシアティブ 第4回IT創薬コンテスト学生奨励賞 「Sirt1阻害剤(候補)の探索」
所属学会 (4件)：
日本バイオインフォマティクス学会 ,  日本進化学会 ,  日本生物物理学会 ,  日本分子生物学会
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