研究者
J-GLOBAL ID：201901014716804301   更新日: 2025年05月08日

西村 陽介

Nishimura Yosuke | Nishimura Yosuke
所属機関・部署：
国立研究開発法人海洋研究開発機構 生命理工学センター

国立研究開発法人海洋研究開発機構 生命理工学センター について


職名： 研究員
研究分野 (4件)： 多様性生物学、分類学 ,  進化生物学 ,  ゲノム生物学 ,  環境動態解析
研究キーワード (11件)： ロドプシン ,  データベース ,  遺伝子解析 ,  マルチオミクス ,  分子系統解析 ,  比較ゲノム ,  データ可視化 ,  バイオインフォマティクス ,  ウイルス ,  海洋微生物 ,  メタゲノム
競争的資金等の研究課題 (6件)：
  • 2023 - 2026 プラスミド学の学術基盤再形成
  • 2024 - 2025 ウイルスダークマターの解明に向けたウイルスゲノム情報基盤の構築
  • 2022 - 2025 全球規模のロドプシン情報基盤の開発ー光利用の環境特性の解明と応用利用に向けてー
  • 2022 - 2024 ウイルスを捉えて生物圏機能を根底から理解する-革新的メタゲノム解析技術の開発-
  • 2023 - 2024 ウイルスダークマターの解明に向けたウイルスゲノム情報基盤の構築
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論文 (35件)：
  • Mitsuhiro Yoshida, Sofia Medvedeva, Akihito Fukudome, Yuri I. Wolf, Syun-ichi Urayama, Yosuke Nishimura, Yoshihiro Takaki, Eugene V. Koonin, Mart Krupovic, Takuro Nunoura. “Paraxenoviridae”, a putative family of ubiquitous marine bacteriophages with double-stranded RNA genomes. bioRxiv. 2025
  • Takayoshi Fujiwara, Toshiaki Hosaka, Masumi Hasegawa-Takano, Yosuke Nishimura, Kento Tominaga, Kaho Mori, Satoshi Nishino, Yuno Takahashi, Tomomi Uchikubo-Kamo, Kazuharu Hanada, et al. Carotenoid pigments enhance rhodopsin-mediated phototrophy by light-harvesting and photocycle-accelerating. bioRxiv. 2024
  • Masumi Hasegawa-Takano, Toshiaki Hosaka, Keiichi Kojima, Yosuke Nishimura, Marie Kurihara, Yu Nakajima, Yoshiko Ishizuka-Katsura, Tomomi Kimura-Someya, Mikako Shirouzu, Yuki Sudo, et al. Cyanorhodopsin-II represents a yellow-absorbing proton-pumping rhodopsin clade within cyanobacteria. The ISME Journal. 2024. 18. 1
  • Yosuke Nishimura, Kensei Kaneko, Tatsuya Kamijo, Nanako Isogai, Maho Tokuda, Hui Xie, Yusuke Tsuda, Aki Hirabayashi, Ryota Moriuchi, Hideo Dohra, et al. Incompatibility groups of Pseudomonas plasmids revisited: comprehensive analysis of R-factors and their replicons. bioRxiv. 2024
  • Justine Charon, Ingrida Olendraite, Marco Forgia, Li Chuin Chong, Luke S. Hillary, Simon Roux, Anne Kupczok, Humberto Debat, Shoichi Sakaguchi, Rachid Tahzima, et al. Consensus statement from the first RdRp Summit: advancing RNA virus discovery at scale across communities. Frontiers in Virology. 2024. 4
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MISC (8件)：
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講演・口頭発表等 (42件)：
  • 「プラスミドスフィア」の理解に向けたビッグデータ解析基盤の構築
    (第19回日本ゲノム微生物学会年会 2025)
  • 微生物進化を駆動する可動遺伝因子を 大規模メタゲノム解析で理解する
    (日本農芸化学会2025年度大会 2025)
  • 必須遺伝子を捉えてモビロームの進化を解明する
    (日本微生物生態学会 第37回大会 2024)
  • Reassessment of Pseudomonas plasmid incompatibility groups based on complete sequence information and molecular experiments
    (ISPB (International Society for Plasmid Biology) 2024 2024)
  • 公共メタゲノムビッグデータから見る抗生物質耐性遺伝子の分布と多様性
    (第97回日本細菌学会総会 2024)
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Works (2件)：
  • DiGAlign ( https://www.genome.jp/digalign/ )
    西村陽介, 山田航平, 岡崎友輔, 緒方博之 2024 -
  • ViPTree ( https://www.genome.jp/viptree/ )
    西村陽介 2017 -
経歴 (2件)：
  • 2024/04 - 現在 海洋研究開発機構 生命理工学センター 研究員
  • 2022/04 - 2024/03 海洋研究開発機構 生命理工学センター 特任研究員
委員歴 (1件)：
  • 2023/04 - 現在 NPO法人日本バイオインフォマティクス学会 監事
受賞 (1件)：
  • 2015/10 - 生命医薬情報学連合大会 2015年大会 研究奨励賞
所属学会 (4件)：
日本農芸化学会 ,  日本ゲノム微生物学会 ,  日本微生物生態学会 ,  日本バイオインフォマティクス学会
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