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J-GLOBAL ID：201902210098880388   整理番号：19A1561637

遺伝子コード構造に対する異なるタイプの翻訳不正確性の影響【JST・京大機械翻訳】

The influence of different types of translational inaccuracies on the genetic code structure

著者 (4件)： BlaZej Pawel (Department of Genomics, University of Wroclaw, Wroclaw, Poland) ,  Wnetrzak Malgorzata (Department of Genomics, University of Wroclaw, Wroclaw, Poland) ,  Mackiewicz Dorota (Department of Genomics, University of Wroclaw, Wroclaw, Poland) ,  Mackiewicz Pawel (Department of Genomics, University of Wroclaw, Wroclaw, Poland)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 20  号： 1  ページ： 114  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 標準的な遺伝的コードは,明らかに21のラベルを割り当てるための処方である。すなわち,アミノ酸と停止翻訳シグナルは64コドンになる。しかしながら,翻訳機械発生の初期段階では,コドンは明確に読まれず,初期の遺伝的コードはアミノ酸へのコドンのいくつかのあいまいな帰属を含むことができた。したがって,本研究の目的は,コドンのアミノ酸への明確な帰属から出発する翻訳機械の異なるタイプの不正確さを仮定して進化した遺伝的コード構造を得ることであった。著者らは,コドン割当の不確実性のレベルがシミュレーションの間,徐々に減少することができると仮定する理論モデルを開発した。標準コードが点突然変異と誤りに対してロバストであると仮定されているので,そのような誤差が1,2または3つのコドン位置に影響を与えると仮定して,3つのシミュレーションシナリオを開発した。シミュレーションされたコードは,符号化曖昧さを減少させて,誤りに対するそれらのロバスト性を増加させるために進化的アルゴリズム方法論を使用して選択された。その結果,遺伝的コードの典型的なコドンブロック構造が進化し,アミノ酸のコドン割当へのあいまいさを減少させ,遺伝情報を読み出す忠実度を増加させることができることを示した。しかし,誤差に対するロバスト性は,標準的な遺伝的符号よりも読み誤りをより良く最小化する理論的符号を見出すことができるので,遺伝的符号進化に影響を及ぼす決定的因子ではなかった。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝情報 ,  最適化 ,  コドン ,  *遺伝 ,  グラフ理論 ,  点突然変異 ,  *遺伝子 ,  アミノ酸 ,  不確実性 ,  曖昧さ ,  ブロック構造 ,  ロバスト性 ,  シミュレーション
準シソーラス用語： 進化的アルゴリズム ,  理論モデル , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： アミノ酸 ,  Codon ,  進化 ,  進化的アルゴリズム ,  グラフ理論 ,  最適化 ,  標準遺伝コード

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

引用文献 (94件)：

• Cold Spring Harb Symp Quant Biol; Polynucleotide synthesis and the genetic code; HG Khorana, H Buchi, H Ghosh, N Gupta, TM Jacob, H Kossel, R Morgan, SA Narang, E Ohtsuka, RD Wells; 31; 1966; 39-49; 10.1101/SQB.1966.031.01.010; citation_id=CR1
• Cold Spring Harb Symp Quant Biol; The RNA code and protein synthesis; M Nirenberg, T Caskey, R Marshall, R Brimacombe, D Kellogg, B Doctor, D Hatfield, J Levin, F Rottman, S Pestka, M Wilcox, F Anderson; 31; 1966; 11-24; 10.1101/SQB.1966.031.01.008; citation_id=CR2
• Trends Biochem Sci; Selection, history and chemistry: the three faces of the genetic code; RD Knight, SJ Freeland, LF Landweber; 24; 6; 1999; 241-7; 10.1016/S0968-0004(99)01392-4; citation_id=CR3
• Biosystems; The origin of the genetic code: theories and their relationships, a review; M Di Giulio; 80; 2; 2005; 175-84; 10.1016/j.biosystems.2004.11.005; citation_id=CR4
• J Mol Evol; Pathways of genetic code evolution in ancient and modern organisms; S Sengupta, PG Higgs; 80; 5-6; 2015; 229-43; 10.1007/s00239-015-9686-8; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (4件)： 遺伝子 ,  タイプ ,  翻訳 ,  正確性