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J-GLOBAL ID：201902210283214569   整理番号：19A1477796

血液悪性腫瘍を表現するためのオントロジー:癌細胞オントロジー【JST・京大機械翻訳】

An ontology for representing hematologic malignancies: the cancer cell ontology

著者 (3件)： Serra Lucas M. (Department of Biomedical Informatics, Jacobs School of Medicine and Biomedical Sciences, University at Buffalo, Buffalo, USA) ,  Duncan William D. (Department of Biomedical Informatics, Jacobs School of Medicine and Biomedical Sciences, University at Buffalo, Buffalo, USA) ,  Diehl Alexander D. (Department of Biomedical Informatics, Jacobs School of Medicine and Biomedical Sciences, University at Buffalo, Buffalo, USA)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 20  号： 5  ページ： 231  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 癌領域内では,多くの生物医学的ツールと応用を支援するために,オントロジーはデータの統合とアノテーションにおいて重要な役割を果たす。本研究では,血液悪性腫瘍に見られる免疫表現型細胞型における既存の基準を活用し,患者データのデータアノテーションと分析を支援するために,それらのオントロジー的表現を提供することを試みた。著者らは,細胞オントロジーの拡張としてOBO Foundry原理に従って癌細胞オントロジーを開発した。著者らは,血液悪性腫瘍のタイプを表すために,細胞表面マーカーの発現を捕捉する論理的公理を用いて,genus-differentialアプローチを用いて癌細胞オントロジーにおけるクラスを定義した。Cell Ontologyで使用されているコンベンションを採用することにより,白血病に対するEGIL分類システムに基づき,300クラスの血液癌に対するヒトおよびコンピュータ読解可能な定義を作成し,多発性骨髄腫および他の血液悪性腫瘍に対する追加分類アプローチに頼った。患者表面マーカーデータを適切な診断カテゴリーに分類するために,オントロジーの組込み論理公理を活用するための概念の証明を実証した。血液悪性腫瘍の自動診断を容易にするために,著者らのオントロジーをフローサイトメトリーデータ解析のための既存のツールに統合することを計画した。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 白血病 ,  フローサイトメトリー ,  公理 ,  多発性骨髄腫 ,  コンピュータ ,  ヒト ,  診断 ,  *腫瘍細胞 ,  アノテーション ,  *オントロジー ,  データ解析
準シソーラス用語： 自動診断 ,  読解 ,  細胞型 ,  *血液癌 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 血液癌 ,  白血病 ,  細胞オントロジー ,  癌細胞オントロジー ,  CCL

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

引用文献 (45件)：

• Kadadi A, Agrawal R, Nyamful C, Atiq R, editors. Challenges of data integration and interoperability in big data. 2014 IEEE International Conference on Big Data (Big Data); 2014 27-30 Oct. 2014.
• Building ontologies with basic formal ontology: the MIT press; 2015; CR2; R Arp, B Smith, citation_author=AD Spear
• Zemmouchi-Ghomari L, Ghomari AR, editors. Reference Ontology. 2009 Fifth International Conference on Signal Image Technology and Internet Based Systems; 2009 Nov. 29 2009-Dec. 4 2009.
• AMIA Ann Symp Proc; A framework for using reference ontologies as a foundation for the semantic web; JF Brinkley, D Suciu, LT Detwiler, JH Gennari, C Rosse, IG Structural; 2006; 2006; 96-100; citation_id=CR4
• Genome Biology; Jonathan Bard, Seung Y Rhee, Michael Ashburner; 6; 2; 2005; R21; 10.1186/gb-2005-6-2-r21; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (4件)： 血液悪性腫瘍 ,  表現 ,  オントロジー ,  癌細胞