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J-GLOBAL ID：201902210370482211   整理番号：19A0660161

Nudged弾性バンド,剛体回転および対応力最適化の計算実装【JST・京大機械翻訳】

Computational Implementation of Nudged Elastic Band, Rigid Rotation, and Corresponding Force Optimization

著者 (3件)： Herbol Henry C. (Department of Materials Science and Engineering, Cornell University, New York, United States) ,  Stevenson James (Robert F. Smith School of Chemical and Biomolecular Engineering, Cornell University, New York, United States) ,  Clancy Paulette (Robert F. Smith School of Chemical and Biomolecular Engineering, Cornell University, New York, United States)
資料名： Journal of Chemical Theory and Computation  (Journal of Chemical Theory and Computation)
巻： 13  号： 7  ページ： 3250-3259  発行年： 2017年 
JST資料番号： W2328A  ISSN： 1549-9618  CODEN： JCTCCE  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： nudged弾性バンド(NEB)アルゴリズムは,化学系における遷移状態を計算する主要な方法である。しかし,現在の文献は,NEBの重要な部分,すなわち最適化法を実行するために,ユーザが希望する適切なガイダンスを欠いている。ここでは,以下の6つの勾配降下アルゴリズムに対するこの実装の詳細を示した:最急降下,高速-分Verlet,FIRE,共役勾配,Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shannon(BFGS),および制限メモリBFGS(LBFGS)。また,既存の方法により改善するために,部分Procrustesの重ね合わせによる協調において,新しい,加速されたバックトラッキング線探索法を構築し,実装した。検証は,2つのテストケースのベンチマーク計算,CNXとBOX(X∈{H,Li,Na})の異性化,及びアラニンジペプチド内の立体配座変化の研究を通して達成された。原子シミュレーション環境として知られている良く確立されたコードベースとの直接比較も行った。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ベンチマーク ,  *弾性 ,  アルゴリズム ,  遷移状態 ,  配座転移 ,  高速度 ,  最急降下法 ,  共役 ,  記憶装置 ,  異性化 ,  *最適化 ,  *剛体回転 ,  バックトラッキング
準シソーラス用語： 原子論的シミュレーション ,  テストケース , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 分子の電気的・磁気的性質  (BH05032U) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (6件)： 弾性 ,  バンド ,  剛体回転 ,  最適化 ,  計算 ,  実装