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J-GLOBAL ID：201902210374763277   整理番号：19A1549896

カドミウムストレス下のトウモロコシにおける木部樹液miRNAの標的の生物情報学的探索【JST・京大機械翻訳】

Bioinformatic Exploration of the Targets of Xylem Sap miRNAs in Maize under Cadmium Stress

著者 (7件)： Wang Baoxiang (Lianyungang Institute of Agricultural Sciences in Jiangsu Xuhuai Region, Jiangsu Academy of Agricultural Sciences, Lianyungang 222000, China) ,  Cheng Dan (National Key Laboratory of Crop Genetics and Germplasm Enhancement, College of Life Sciences, Nanjing Agricultural University, Nanjing 210095, China) ,  Chen Ziyan (National Key Laboratory of Crop Genetics and Germplasm Enhancement, College of Life Sciences, Nanjing Agricultural University, Nanjing 210095, China) ,  Zhang Manman (National Key Laboratory of Crop Genetics and Germplasm Enhancement, College of Life Sciences, Nanjing Agricultural University, Nanjing 210095, China) ,  Zhang Guoqiang (National Key Laboratory of Crop Genetics and Germplasm Enhancement, College of Life Sciences, Nanjing Agricultural University, Nanjing 210095, China) ,  Jiang Mingyi (National Key Laboratory of Crop Genetics and Germplasm Enhancement, College of Life Sciences, Nanjing Agricultural University, Nanjing 210095, China) ,  Tan Mingpu (National Key Laboratory of Crop Genetics and Germplasm Enhancement, College of Life Sciences, Nanjing Agricultural University, Nanjing 210095, China)
資料名： International Journal of Molecular Sciences (Web)  (International Journal of Molecular Sciences (Web))
巻： 20  号： 6  ページ： 1474  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7038A  ISSN： 1422-0067  CODEN： IJMCFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： カドミウム(Cd)は汚染作物製品を通してヒトに慢性毒性を持つ可能性がある。マイクロRNA(miRNA)は植物において系統的に移動できる。Cdストレスに対するトウモロコシ応答の調節における長距離移動木部miRNAの役割を調べるために,3つの木部樹液小RNA(sRNA)ライブラリーを高スループット配列決定のために構築し,Cdストレス化トウモロコシ実生における潜在的移動miRNAとトウモロコシトランスクリプトームにおけるそれらの推定標的を同定した。全部で約199のmiRNA(2022ヌクレオチド)が,97の新たに発見されたmiRNAと102の既知miRNAを含むトウモロコシ実生からの木部汁液において同定された。それらの間で,10のmiRNAは,Cd処理の1時間後に木部樹液において異なる発現を示した。2つのmiRNA標的予測ツール,psRNATarget(切断の阻害パターンを報告する)とDPMIND(分解能を有する植物miRNA標的相互作用を報告する)をバイオインフォマティクスを介して組み合わせて用いて,199の標的はトウモロコシ木部汁液中のmiRNAを有意に発現した。これら2つの生物情報学的ツールの統合的結果は,27の木部汁液miRNAが分解を通して34の遺伝子を阻害することを示唆した。さらに,ほとんど300の他の遺伝子は,利用可能な分解ドームデータサポートなしで潜在的miRNA切断可能な標的であり,それらの大部分は非生物的ストレス応答,細胞シグナル伝達,転写調節,および金属処理に富んでいた。これらのアプローチと結果は,木部樹液の観点からCd応答性長距離輸送miRNAの理解を高めるだけでなく,miRNAにより仲介される分子遺伝的機構を予測するための新しい洞察も提供した。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： トランスクリプトーム ,  分子遺伝現象 ,  細胞情報伝達 ,  相互作用 ,  *カドミウム ,  *木部 ,  ヒト ,  遺伝子 ,  農作物 ,  ヌクレオチド ,  実生
準シソーラス用語： 転写調節 ,  非生物的ストレス ,  低分子RNA ,  *マイクロRNA , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 木部樹液 ,  miRNA ,  標的遺伝子 ,  カドミウム ,  トウモロコシ

分類 (3件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  トウモロコシ  (FC03034D) ,  植物生理学一般  (EH02010Y)

引用文献 (63件)：

• Uraguchi, S.; Fujiwara, T. Cadmium transport and tolerance in rice: Perspectives for reducing grain cadmium accumulation. Rice 2012, 5, 5.
• Kulik, A.; Anielska-Mazur, A.; Bucholc, M.; Koen, E.; Szymanska, K.; Zmienko, A.; Krzywinska, E.; Wawer, I.; McLoughlin, F.; Ruszkowski, D.; et al. SNF1-related protein kinases type 2 are involved in plant responses to cadmium stress. Plant Physiol. 2012, 160, 868-883.
• He, F.; Liu, Q.; Zheng, L.; Cui, Y.; Shen, Z. RNA-seq analysis of rice roots reveals the involvement of post-transcriptional regulation in response to cadmium stress. Front. Plant Sci. 2015, 6, 1136.
• Jian, H.; Yang, B.; Zhang, A.; Ma, J.; Ding, Y.; Chen, Z.; Li, J.; Xu, X.; Liu, L. Genome-wide identification of MicroRNAs in response to cadmium stress in oilseed rape (Brassica napus L.) using high-throughput sequencing. Int. J. Mol. Sci. 2018, 19, 1431.
• Zhang, J.; Zhang, H.; Srivastava, A.K.; Pan, Y.; Bai, J.; Fang, J.; Shi, H.; Zhu, J.K. Knockdown of rice MicroRNA166 confers drought resistance by causing leaf rolling and altering stem xylem development. Plant Physiol. 2018, 176, 2082-2094.

タイトルに関連する用語 (9件)： カドミウム ,  ストレス ,  トウモロコシ ,  木部 ,  樹液 ,  miRNA ,  標的 ,  生物情報学 ,  探索