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J-GLOBAL ID：201902212027270221   整理番号：19A1552490

特異的長増幅断片配列決定とトランスクリプトームから決定したアボカド生殖質のゲノムワイド評価:集団構造,遺伝的多様性,同定,及びレース特異的マーカーの応用【JST・京大機械翻訳】

Genome-Wide Assessment of Avocado Germplasm Determined from Specific Length Amplified Fragment Sequencing and Transcriptomes: Population Structure, Genetic Diversity, Identification, and Application of Race-Specific Markers

著者 (12件)： Ge Yu (Haikou Experimental Station, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Haikou 570102, China) ,  Zhang Teng (Tianjin Derit Seed Industry Co. Ltd., Tianjing 300384, China) ,  Wu Bin (Haikou Experimental Station, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Haikou 570102, China) ,  Tan Lin (Haikou Experimental Station, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Haikou 570102, China) ,  Ma Funing (Haikou Experimental Station, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Haikou 570102, China) ,  Zou Minghong (South Subtropical Crops Research Institute, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Zhanjiang 524091, China) ,  Chen Haihong (College of Agriculture, Guangxi Vocational and Technical College, Nanning 530226, China) ,  Pei Jinli (College of Horticulture and Landscape Architecture, Hainan University, Haikou 570228, China) ,  Liu Yuanzheng (Haikou Experimental Station, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Haikou 570102, China) ,  Chen Zhihao (Haikou Experimental Station, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Haikou 570102, China) ,  Xu Zining (Haikou Experimental Station, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Haikou 570102, China) ,  Wang Tao (Institute of Vegetable, Liaoning Academy of Agricultural Sciences, Shenyang 110161, China)
資料名： Genes (Web)  (Genes (Web))
巻： 10  号： 3  ページ： 215  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7194A  ISSN： 2073-4425  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ゲノムデータは強力なツールである。しかしながら,アボカドの異なる生態系の間の系統発生的関係は不明のままである。ここでは,特異的長さ増幅断片配列決定(SLAF-seq)とトランスクリプトームデータからの結果を用いて,21のアボカド品種の個体群構造と遺伝的多様性を推論し,3つの生態系と2つの異種間雑種の系統発生を再構築した。SLAF-seqからの単一ヌクレオチド多型(SNP)に基づく3つの分析(算術平均(UPGMA)クラスタ,主座標分析(PCoA),STRUCTURE)の3つの分析の結果は,植物人種に基づく2つの個体群の存在を示した。SLAF-seqからのSNPに基づく著者らの結果は,メキシコおよびGuatemalan種が西インドレースに対するよりも互いに密接に関連していることを示した。これはトランスクリプトームデータからのSNPに基づくUPGMAクラスター結果でも確認された。SLAF-seqからのSNPは,Guatemalan,メキシコ,およびGuatemalan Mexicianハイブリッド受入が西インドレースおよびGuatemalan西インド雑種系統よりも高い遺伝的多様性を有しているという強い証拠を提供した。SLAF-seqからのSNPに基づく6つの人種特異的な特異的対立遺伝子特異的PCR(KASP)マーカーを次に開発し,検証した。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 一塩基多型 ,  インド ,  生態系 ,  *アボカド ,  個体群 ,  系統発生 ,  *トランスクリプトーム ,  *ゲノム ,  メキシコ合衆国 ,  クラスタ ,  再構成 ,  品種
準シソーラス用語： 主座標分析 ,  個体群構造 ,  *遺伝多様性 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： Persea americana ,  生態学的レース ,  SLAF-seq ,  トランスクリプトーム ,  系統発生関係

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (37件)：

• Schaffer, B.; Wolstenholme, B.N.; Whiley, A.W. The Avocado: Botany, Production and Uses, 2nd ed.; CPI Group (UK) Ltd.: Croydon, UK, 2012.
• Galindo-Tovar, M.E.; Ogata-Aguilar, N.; Arzate-Fernandez, A.M. Some aspects of avocado (Perseaamericana Mill.) diversity and domestication in Mesoamerica. Genet. Resour. Crop Evol. 2008, 55, 441-450.
• Berg, B.; Ellstrand, N. Taxonomy of the avocado. Calif. Avocado Soc. 1986, 70, 135-146.
• Williams, L.O. The avocados, a synopsis of the genus Persea, subg. Persea. Econ. Bot. 1977, 31, 315-320.
• Bergh, B.O.; Scora, R.W.; Storey, W.B. A comparison of leaf terpenes in Persea subgenus Persea. Bot. Gaz. 1973, 134, 130-134.

タイトルに関連する用語 (13件)： 増幅 ,  断片 ,  トランスクリプトーム ,  アボカド ,  生殖質 ,  ゲノム ,  評価 ,  集団構造 ,  遺伝的多様性 ,  同定 ,  レース ,  マーカー ,  応用