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J-GLOBAL ID：201902213080756301   整理番号：19A1527564

Vulcanは,乳癌におけるエンハンサーでの時代の鍵となる共調節因子としてのGRHL2を同定するために,患者由来の共発現ネットワークを用いたChIP-seqを統合する【JST・京大機械翻訳】

VULCAN integrates ChIP-seq with patient-derived co-expression networks to identify GRHL2 as a key co-regulator of ERa at enhancers in breast cancer

著者 (9件)： Holding Andrew N. (CRUK Cambridge Institute, University of Cambridge, Cambridge, UK) ,  Holding Andrew N. (The Alan Turing Institute, London, UK) ,  Giorgi Federico M. (CRUK Cambridge Institute, University of Cambridge, Cambridge, UK) ,  Giorgi Federico M. (Department of Pharmacy and Biotechnology, University of Bologna, Bologna, Italy) ,  Donnelly Amanda (CRUK Cambridge Institute, University of Cambridge, Cambridge, UK) ,  Cullen Amy E. (CRUK Cambridge Institute, University of Cambridge, Cambridge, UK) ,  Nagarajan Sankari (CRUK Cambridge Institute, University of Cambridge, Cambridge, UK) ,  Selth Luke A. (Dame Roma Mitchell Cancer Research Laboratories and Freemasons Foundation Centre for Men’s Health, Adelaide Medical School, The University of Adelaide, Adelaide, Australia) ,  Markowetz Florian (CRUK Cambridge Institute, University of Cambridge, Cambridge, UK)
資料名： Genome Biology (Web)  (Genome Biology (Web))
巻： 20  号： 1  ページ： 91  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7384A  ISSN： 1474-760X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ネットワークを介した仮想ChIP-seq分析(VULCAN)は,ChIP-seqデータ上に公開されている腫瘍発現データから生成されるオーバレイネットワークによる転写因子の調節相互作用を推定する。乳癌におけるエストロゲン受容体-アルファ活性化の調節を分析し,エストロゲン受容体の転写応答の潜在的共調節因子を同定するために,この方法を適用した。乳癌におけるエストロゲン受容体活性化のVulcan分析は,GRHL2との新しい相互作用に沿ったエストロゲン受容体複合体の重要な成分を強調する。GRHL2はエストロゲン受容体結合部位のサブセットに動員され,エストロゲン受容体関連eRNA発現の変化及びGRHL2ノックダウン後の活性エンハンサーにおけるより強いエストロゲン受容体結合により証明されるように,転写出力を調節することを示した。著者らの知見は,エストロゲン受容体シグナル伝達の一部としてのeRNA転写の調節におけるGRHL2の役割に関する新しい洞察を提供する。これらの結果は,強力な予測ツールとして,バイオ導体から入手可能なVULCANを実証した。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *ネットワーク ,  導体 ,  予測 ,  腫瘤形成 ,  *ヒト ,  部分集合 ,  転写因子 ,  複合体 ,  *乳房腫瘍 ,  結合部位 ,  相互作用 ,  エストロゲン受容体
準シソーラス用語： 遺伝子ノックダウン法 ,  オーバレイネットワーク ,  *共発現 ,  *調節因子 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (10件)： 乳癌 ,  ネットワーク解析 ,  動力学 ,  ER ,  マスターレギュレータ ,  CHIP-seq ,  Vulcan ,  GRHL2 ,  P300 ,  H3K27AC

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (69件)：

• CA Cancer J Clin; Cancer statistics, 2018; RL Siegel, KD Miller, A Jemal; 68; 1; 2018; 7-30; 10.3322/caac.21442; citation_id=CR1
• Genes Dev; Pioneer transcription factors: establishing competence for gene expression; KS Zaret, JS Carroll; 25; 21; 2011; 2227-2241; 10.1101/gad.176826.111; citation_id=CR2
• Nat Genet; FOXA1 is a key determinant of estrogen receptor function and endocrine response; A Hurtado, KA Holmes, CS Ross-Innes, D Schmidt, JS Carroll; 43; 2010; 27-33; 10.1038/ng.730; citation_id=CR3
• Molecular Endocrinology; Nuclear receptor coactivators and corepressors; K B Horwitz, T A Jackson, D L Bain, J K Richer, G S Takimoto, L Tung; 10; 10; 1996; 1167-1177; citation_id=CR4
• Curr Opin cell Biol.; Nuclear receptor coactivators; CK Glass, DW Rose, MG Rosenfeld; 9; 2; 1997; 222-232; 10.1016/S0955-0674(97)80066-X; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (8件)： 乳癌 ,  鍵 ,  調節因子 ,  同定 ,  患者 ,  共発現 ,  CHIP ,  統合