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J-GLOBAL ID：201902213193263200   整理番号：19A1549257

Angelica polymorphaの葉緑体ゲノムの配列決定と比較分析および種同定のための新規INDELマーカーの開発【JST・京大機械翻訳】

Sequencing and Comparative Analysis of the Chloroplast Genome of Angelica polymorpha and the Development of a Novel Indel Marker for Species Identification

著者 (9件)： Park Inkyu (Herbal Medicine Resources Research Center, Korea Institute of Oriental Medicine, Naju 58245, Korea) ,  Yang Sungyu (Herbal Medicine Resources Research Center, Korea Institute of Oriental Medicine, Naju 58245, Korea) ,  Kim Wook Jin (Herbal Medicine Resources Research Center, Korea Institute of Oriental Medicine, Naju 58245, Korea) ,  Song Jun-Ho (Herbal Medicine Resources Research Center, Korea Institute of Oriental Medicine, Naju 58245, Korea) ,  Lee Hyun-Sook (Department of Agronomy, College of Agriculture and Life Sciences, Chungnam National University, Daejeon 34134, Korea) ,  Lee Hyun Oh (Phyzen Genomics Institute, Seongnam 13558, Korea) ,  Lee Jung-Hyun (Department of Biology Education, Chonnam National University, Gwangju 77, Korea) ,  Ahn Sang-Nag (Department of Agronomy, College of Agriculture and Life Sciences, Chungnam National University, Daejeon 34134, Korea) ,  Moon Byeong Cheol (Herbal Medicine Resources Research Center, Korea Institute of Oriental Medicine, Naju 58245, Korea)
資料名： Molecules (Web)  (Molecules (Web))
巻： 24  号： 6  ページ： 1038  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7014A  ISSN： 1420-3049  CODEN： MOLEFW  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Angelica属(Apiaceae)は価値ある漢方薬から成る。本研究では,A.polymorphaの完全葉緑体(CP)ゲノム配列を決定し,それをLigusticum officinale(GenBank受入番号NC039760)のそれと比較した。A.polymorphaとL.officinaleのCPゲノムは,37.6%のGC含有量で,長さでそれぞれ148,430と147,127bpであった。両CPゲノムは,79の蛋白質コード化,4つのrRNA,および30のtRNA遺伝子を含む113のユニークな機能遺伝子を持っていた。2つのCPゲノムの比較分析は,保存されたゲノム構造,遺伝子含有量,および遺伝子秩序を明らかにした。しかしながら,A.polymorphaとL.officinaleを区別するのに十分な可変領域は,仮想葉緑体オープンリーディングフレーム1(YCF1)とycf2遺伝子領域において同定された。ヌクレオチド多様性(Pi)分析は,ycf4葉緑体エンベロープ膜蛋白質(cemA)遺伝子間領域が2つの種の間で高度に可変であることを示した。系統発生分析により,A.polymorphaおよびL.officinaleはApiaceae科において良くクラスター化されていることが明らかになった。A.polymorphaにおけるycf4-cemA遺伝子間領域は,L.officinaleと比較して418bp欠失を示した。この領域は,A.polymorphaとL.officinale系統の間で成功裏に識別された新しいindelマーカー,LYCEの開発に使用された。著者らの結果は,漢方薬に関する重要な分類学的および系統発生的情報を提供し,インデルマーカーを用いてそれらの認証を容易にする。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *葉緑体 ,  系統発生 ,  *シシウド属 ,  漢方製剤 ,  遺伝子 ,  クラスタ化 ,  rRNA ,  *ゲノム
準シソーラス用語： 分類学 ,  系統解析 ,  オープンリーディングフレーム ,  ゲノム構造 ,  Ligusticum ,  ゲノム配列 ,  *比較分析 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： Angelica polymorpha ,  Ligusticum officinale ,  色素体 ,  漢方薬 ,  分子マーカー

分類 (2件)： 植物の生化学  (EH01050J) ,  生薬の薬理の基礎研究  (GX06020J)

引用文献 (71件)：

• Qian, J.; Song, J.; Gao, H.; Zhu, Y.; Xu, J.; Pang, X.; Yao, H.; Sun, C.; Li, X.; Li, C.; et al. The complete chloroplast genome sequence of the medicinal plant Salvia miltiorrhiza. PLoS ONE 2013, 8, e57607.
• Yang, M.; Zhang, X.; Liu, G.; Yin, Y.; Chen, K.; Yun, Q.; Zhao, D.; Al-Mssallem, I.S.; Yu, J. The complete chloroplast genome sequence of date palm (Phoenix dactylifera L.). PLoS ONE 2010, 5, e12762.
• Jansen, R.K.; Ruhlman, T.A. Plastid genomes of seed plants. In Genomics of Chloroplasts and Mitochondria; Springer: Dordrecht, The Netherlands, 2012; pp. 103-126.
• Weng, M.-L.; Blazier, J.C.; Govindu, M.; Jansen, R.K. Reconstruction of the ancestral plastid genome in Geraniaceae reveals a correlation between genome rearrangements, repeats, and nucleotide substitution rates. Mol. Biol. Evol. 2013, 31, 645-659.
• Cosner, M.E.; Jansen, R.K.; Palmer, J.D.; Downie, S.R. The highly rearranged chloroplast genome of Trachelium caeruleum (Campanulaceae): Multiple inversions, inverted repeat expansion and contraction, transposition, insertions/deletions, and several repeat families. Curr. Genet. 1997, 31, 419-429.

タイトルに関連する用語 (6件)： Angelica ,  葉緑体ゲノム ,  比較分析 ,  種同定 ,  マーカー ,  開発