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J-GLOBAL ID：201902213260695992   整理番号：19A1884209

グランドカノニカルモンテカルロシミュレーションとの比較による水攻法の検証【JST・京大機械翻訳】

Validating the Water Flooding Approach by Comparing It to Grand Canonical Monte Carlo Simulations

著者 (3件)： Yoon Hanwool (Department of Chemistry, University of Southern California, California, United States) ,  Kolev Vesselin (Department of Chemistry, University of Southern California, California, United States) ,  Warshel Arieh (Department of Chemistry, University of Southern California, California, United States)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 121  号： 40  ページ： 9358-9365  発行年： 2017年 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 定量的レベルでの蛋白質の機能の研究は,蛋白質の中と周辺の水分子の考慮を必要とする。この要求は,水分子の挿入が非常に高い活性化障壁を持ち,長いシミュレーション時間を必要とするという事実による主要な計算課題を提示する。最近,著者らは,可能な水構成の後処理モンテカルロランキングに基づく水攻法(WF)アプローチを開発した。このアプローチは,挿入自由エネルギーを評価し,内部水分子の最も可能性のある配置を決定するための非常に効果的な方法を提供するように思われる。WFアプローチは,他の微視的アプローチによって信頼性のない挑戦的なシステムをモデル化するのに効果的に使用されたが,より厳密なグランドカノニカルモンテカルロ(GCMC)法との比較によって検証されなかった。ここでは,その性能をGCMC法の性能と比較することにより,WFアプローチを検証した。WFアプローチは明確なテストケースにおいてGCMC結果を再現するが,非常に高速であることが分かった。これは,蛋白質における正しい水構成を見出すための有用な戦略としてWFアプローチを確立し,蛋白質の機能の研究のための強力な方法を提供する。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： タンパク質 ,  *シミュレーション ,  モデリング ,  信頼性 ,  *水攻法 ,  計算機シミュレーション ,  後処理 ,  水分子 ,  高速度 ,  自由エネルギー
準シソーラス用語： テストケース ,  活性化障壁 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

タイトルに関連する用語 (2件)： 水攻法 ,  検証