分子動力学シミュレーションによる蛋白質への配位子結合モードの安定性の探索  交差ドッキング研究【JST・京大機械翻訳】

Liu Kai; Kokubo Hironori

文献

J-GLOBAL ID：201902215074874621 整理番号：19A1407844

分子動力学シミュレーションによる蛋白質への配位子結合モードの安定性の探索交差ドッキング研究【JST・京大機械翻訳】

Exploring the Stability of Ligand Binding Modes to Proteins by Molecular Dynamics Simulations: A Cross-docking Study

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資料名：
巻： 57 号： 10 ページ： 2514-2522 発行年： 2017年10月
JST資料番号： A0294A ISSN： 1549-9596 CODEN： JCISD8 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

ドッキングは,リガンドの結合様式を予測するための創薬研究において不可欠なアプローチになった。ドッキングにおける一つの大きな課題は,評価関数を通して種々の推定ドッキング姿勢から正しい姿勢を効率的に精密化することである。著者らは最近,分子動力学(MD)シミュレーション下での自己ドッキング姿勢の安定性を調べ,平衡MDシミュレーションが正しいとデコイの間を識別する能力を持つことを示した。ここでは,著者らの以前の研究を実用化のための交差ドッキング研究に拡張した。医薬品の興味のある3つの標的蛋白質(トロンビン,熱ショック蛋白質90α,およびサイクリン依存性キナーゼ2)を選択した。各配位子に対する3つの同等の姿勢(1つの正しい姿勢と2つのデコイ)をドッキング姿勢から選択した。3つの標的蛋白質に対するドッキング姿勢を得るために,3つの異なるプロトコル,すなわち正常ドッキング,誘導適合ドッキング(IFD),およびIFDをホモロジーモデルに対して用いた。最後に,統計解析のために各姿勢について5つの並列MD平衡実行を行った。結果は,正しい姿勢がMDの下でデコイ姿勢より一般的により安定していることを示した。MDの識別能力は戦略に依存する。最も安全な方法は,5つの並列実行の間の1つの実行がMDの下で安定しているならば,安定しているという姿勢を判断することであった。この場合,正しい姿勢の95%がMD下で保持され,約25~44%のデコイが全ての場合に対するシミュレーションにより除外された。一方,2つまたは3つの実行が安定している場合には,安定していると判断すると,いくつかの正しい姿勢を不正確に除外するリスクで,2つのデコイの約31~53%または39~56%をMDによって排除できた。著者らの結果は,単純な平衡シミュレーションが,計算的に高価な自由エネルギー計算からのドッキングスコアによって区別できないデコイ姿勢を除外するための効果的なフィルタとして役立つことを示唆した。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

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計算機シミュレーション , 薬物の相互作用 , 分子・遺伝情報処理 , 分子構造

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分子動力学シミュレーションによる蛋白質への配位子結合モードの安定性の探索 交差ドッキング研究【JST・京大機械翻訳】

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