バイオインフォマティクス解析とCYP2C8による肝細胞癌関連ハブ遺伝子の同定は潜在的予後バイオマーカーである【JST・京大機械翻訳】

Li Chuanfei; Zhou Di; Jiang Xiaoling; Liu Minhui; Tang Hui; Mei Zhechuan

文献

J-GLOBAL ID：201902215475173478 整理番号：19A0860717

バイオインフォマティクス解析とCYP2C8による肝細胞癌関連ハブ遺伝子の同定は潜在的予後バイオマーカーである【JST・京大機械翻訳】

Identifying hepatocellular carcinoma-related hub genes by bioinformatics analysis and CYP2C8 is a potential prognostic biomarker

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資料名：
巻： 698 ページ： 9-18 発行年： 2019年
JST資料番号： E0701B ISSN： 0378-1119 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：オランダ (NLD) 言語：英語 (EN)

肝細胞癌(HCC)は,最も一般的悪性腫瘍の1つのタイプである。しかしながら,HCCの発生に関わる基礎となる分子機構は,不明のままである。HCCの進行における候補遺伝子を同定するために,遺伝子発現プロファイルGSE14520,GSE54236,GSE57957およびGSE64041を遺伝子発現Omnibusデータベース(GEO)からダウンロードした。HCC患者からの合計405の腫瘍と399のパラ癌サンプルを,差別的に発現した遺伝子(DEG)を同定するために検査し,続いて遺伝子オントロジー(GO)機能を含む機能濃縮分析と遺伝子とゲノム(KEGG)経路の京都Encyclopediaを含んだ。全部で78のDEGがスクリーニングされ,62のダウンレギュレーションされた遺伝子と16の上方制御された遺伝子を含んだ。続いて,蛋白質-蛋白質相互作用ネットワーク(PPI)を相互作用遺伝子(STRING)データベースの検索ツールを用いて構築した。モジュール分析とHub遺伝子検証を,Cytosscapeソフトウェアを使用して実行した。ハブ遺伝子の階層的クラスタ化をUCSC癌ゲノムブラウザを用いて評価した。Hub遺伝子の生存分析をKaplan Meier Ploterデータベースを用いて行った。肝臓で特異的に発現された遺伝子を,Genevestigatorデータベースを用いて分析した。CYP2C8は全ての候補遺伝子の中で最も有望な分子の1つと同定された。HCCにおけるCYP2C8の発現プロファイルを,OncomineとUALCANデータベースを用いて分析した。HCCサンプルおよび肝細胞癌細胞におけるCYP2C8の発現レベルを,逆転写定量的ポリメラーゼ連鎖反応(RT-qPCR)および免疫組織化学分析を用いて検証した。要約すると,DEGとハブ遺伝子は本研究で同定され,HCCの発生に関する新しい洞察を提供する。CYP2C8はHCCで下方制御され,潜在的予後バイオマーカーとなり得た。Copyright 2019 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

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遺伝子の構造と化学 , 遺伝子発現

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