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J-GLOBAL ID：201902215600832562   整理番号：19A0974081

GEN.PARREP:準安定生化学系の長時間シミュレーションのための一般化並列レプリカ動力学の最初の実行【JST・京大機械翻訳】

gen.parRep: A first implementation of the Generalized Parallel Replica dynamics for the long time simulation of metastable biochemical systems

著者 (4件)： Hedin Florent (CERMICS, Ecole des Ponts-ParisTech, 6 et 8 avenue Blaise Pascal, Cite Descartes - Champs-sur-Marne, F-77455 Marne-la-Vallee Cedex 2, France) ,  Hedin Florent (Inria Centre de Recherche Paris Rocquencourt, 2 rue Simone Iff, F-75589 Paris, France) ,  Lelievre Tony (CERMICS, Ecole des Ponts-ParisTech, 6 et 8 avenue Blaise Pascal, Cite Descartes - Champs-sur-Marne, F-77455 Marne-la-Vallee Cedex 2, France) ,  Lelievre Tony (Inria Centre de Recherche Paris Rocquencourt, 2 rue Simone Iff, F-75589 Paris, France)
資料名： Computer Physics Communications  (Computer Physics Communications)
巻： 239  ページ： 311-324  発行年： 2019年 
JST資料番号： E0081C  ISSN： 0010-4655  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 長い分子動力学シミュレーションを実行するとき,準安定性は主要な遭遇障害の1つであり,多くの方法がこの挑戦に取り組むために開発された。材料科学コミュニティにおける準安定Langevin動力学の非常に長い軌跡をシミュレートすることを可能にするために,「平行レプリカ」(ParRep)動力学は知られているが,それは生化学シミュレーションの世界にほとんど移転できないという仮定に依存している。後に開発された「一般化ParRep」変異体はそれらの問題を解決するが,それはこれまで関心のある重要なシステムには適用されなかった。本論文では,一般化並列反復法(BSD 3-Clause ライセンス)の最初の公開可能な実行であるプログラムgen.parRepを提示し,蛋白質-配位子複合体の立体配座平衡または解離のような,しばしば遭遇する準安定生化学系を標的とした。得られたC++実装は強い線形スケーラビリティを示し,数百のCPU上で最大の可能な高速化の最大70%を提供することを示した。プログラムTitle:gen.parRep Program Files doi: http://dx.doi.org/10.17632/dgp8wdgtgt.1免許作成:BSD 3-lauseプログラミング言語:C++(ほとんど),CとLuaの問題:化学的および生物学的システムの分子動力学シミュレーションは,動力学に使用される時間離散化ステップと配座変化間の通常の平均時間の時間スケール分離のため,通常,準安定性の問題に遭遇する。この挑戦に取り組むためには,加速動力学[1]法の使用が通常必要である。解法:一般化並列反復法[2]は準安定状態から出口を加速し,N,Nの線形高速化を提供し,システムのレプリカ数を並列に実行する。これまでに初めて利用可能なこのC++実装は数百のCPUに対して強い線形スケーリングを示し,従って高性能コンピューティング(HPC)マシンに関する生産研究のために準備されている。さらなるコメント:GITリポジトリ:https://gitlab.inria.fr/parallel-replica/gen.parRep参照:[1]Lelievre,T.,Eur Phys. J.SPEC。トップ(2015)224,DOI:10.1140/epjst/e2015-02420-1[2]Binder,A.et al.,計算物理学(2015)284;DOI:10.1016/j.jcp.2015.01.002。Copyright 2019 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 線形性 ,  コミュニティ ,  C++言語 ,  *生化学 ,  軌跡 ,  複合体 ,  *シミュレーション ,  高速化 ,  リポジトリ ,  準安定状態 ,  ライセンス ,  タンパク質
準シソーラス用語： 離散化 ,  準安定性 ,  分子動力学シミュレーション , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 分子シミュレーション ,  Langevin動力学 ,  準定常分布 ,  準安定 ,  蛋白質-配位子解離 ,  高性能コンピューティング

分類 (5件)： 粒状物調査測定  (SB03060E) ,  酸化物結晶の磁性  (BM06050E) ,  固体デバイス製造技術一般  (NC03030V) ,  図形・画像処理一般  (JE04010I) ,  数値計算  (JE02000J)

タイトルに関連する用語 (6件)： 生化学 ,  長時間 ,  シミュレーション ,  一般化 ,  レプリカ ,  動力学