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J-GLOBAL ID：201902216601096810   整理番号：19A2386848

産卵鶏における組換ホットスポットの同定と組換え率の量的形質遺伝子座【JST・京大機械翻訳】

Identification of recombination hotspots and quantitative trait loci for recombination rate in layer chickens

著者 (10件)： Ziqing Weng (DEPARTMENT OF ANIMAL SCIENCE, IOWA STATE UNIVERSITY, AMES, IA 50010, USA) ,  Anna Wolc (DEPARTMENT OF ANIMAL SCIENCE, IOWA STATE UNIVERSITY, AMES, IA 50010, USA;HY-LINE INTERNATIONAL, DALLAS CENTER, IA 50063, USA) ,  Hailin Su (DEPARTMENT OF ANIMAL SCIENCE, IOWA STATE UNIVERSITY, AMES, IA 50010, USA) ,  Rohan L.Fernando (DEPARTMENT OF ANIMAL SCIENCE, IOWA STATE UNIVERSITY, AMES, IA 50010, USA) ,  Jack C.M.Dekkers (DEPARTMENT OF ANIMAL SCIENCE, IOWA STATE UNIVERSITY, AMES, IA 50010, USA) ,  Jesus Arango (HY-LINE INTERNATIONAL, DALLAS CENTER, IA 50063, USA) ,  Petek Settar (HY-LINE INTERNATIONAL, DALLAS CENTER, IA 50063, USA) ,  Janet E.Fulton (HY-LINE INTERNATIONAL, DALLAS CENTER, IA 50063, USA) ,  Neil P.O’Sullivan (HY-LINE INTERNATIONAL, DALLAS CENTER, IA 50063, USA) ,  Dorian J.Garrick (DEPARTMENT OF ANIMAL SCIENCE, IOWA STATE UNIVERSITY, AMES, IA 50010, USA;AL RAE CENTRE FOR GENETICS AND BREEDING, MASSEY UNIVERSITY, PALMERSTON NORTH 4442, NEW ZEALAND)
資料名： Xumu Yu Shengwu Jishu Zazhi  (Xumu Yu Shengwu Jishu Zazhi)
巻： 10  号： 2  ページ： 314-326  発行年： 2019年 
JST資料番号： C2841A  ISSN： 1674-9782  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:組換え事象の頻度はゲノムと個体間で変化し,それはいくつかのゲノム特徴に関連する可能性がある。本研究の目的は,再結合事象の頻度を評価し,2つの純粋繁殖層ニワトリ系統における組換え率のQTL(量的形質遺伝子座)を同定することであった。【方法】合計1200の白色卵層(WL)を580KのSNPで遺伝子型を決定し,5108の褐色卵層(BL)を42KのSNP(単一ヌクレオチド多型)で遺伝子型を決定した。組換え事象を半sibファミリー内で同定し,組換え事象の数と再結合速度の両方をゲノムの各0.5Mbウインドウ内で計算した。各染色体上で最も高い組換え率を持つ窓の10%は再結合ホットスポットであると考えられた。BayesBモデルを別々に用いて,減数分裂あたりの組換え事象の全ゲノム数に関連するゲノム領域を同定した。組換え率の遺伝的変異の0.8%以上を説明する領域はQTLを持つと考えられた。結果:組換え率の遺伝率はWLで0.17,BLで0.16で推定された。平均,11.3と23.2組換えイベントは,それぞれWLとBLで1301と9292の減数分裂でゲノムを横切って個々に検出された。推定された組換え率は系統間で有意に異なり,これは近交レベルとハプロタイプ構造の違いによるものと考えられた。母集団は,両系統において雌よりも減数分裂当たり約5%~20%高い組換え率を有していた。0.5Mbウインドウ当たりの組換え率は,染色体サイズと強い負の相関を有し,GC含量と強い正の相関を示し,両系統におけるゲノム全体のCpG島密度と強い正の相関を示した。組換え率の異なるQTLを2系統で同定した。WLとBLでそれぞれ検出された190と199の重複しない組換えホットスポットがあり,そのうちの28は両方の系統に共通していた。結論:組換え率,ホットスポット位置,および全ゲノム組換えに関連するQTL領域の違いが系統間で観察され,検出された組換え事象の特異的特徴と組換え事象の制御が複雑な多遺伝子形質であることを示した。Data from Wanfang. Translated by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 再結合 ,  同系交配 ,  *ホットスポット ,  減数分裂 ,  遺伝子型 ,  *産卵鶏 ,  *量的形質遺伝子座 ,  ゲノム ,  一塩基多型 ,  *遺伝子 ,  染色体 ,  母集団 ,  ハプロタイプ ,  繁殖行動
準シソーラス用語： CpGアイランド , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  稲作  (FC03020C)

タイトルに関連する用語 (5件)： 産卵鶏 ,  組換 ,  ホットスポット ,  同定 ,  量的形質遺伝子座