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J-GLOBAL ID：201902216787691719   整理番号：19A2349161

成体Caenorhabditis elegansに対する参照定量的トランスクリプトームデータセット【JST・京大機械翻訳】

Reference quantitative transcriptome dataset for adult Caenorhabditis elegans

著者 (6件)： Piovesan Allison (Department of Experimental, Diagnostic and Specialty Medicine, (DIMES), Unit of Histology, Embryology and Applied Biology, University of Bologna, Via Belmeloro 8, 40126 Bologna, BO, Italy) ,  Antonaros Francesca (Department of Experimental, Diagnostic and Specialty Medicine, (DIMES), Unit of Histology, Embryology and Applied Biology, University of Bologna, Via Belmeloro 8, 40126 Bologna, BO, Italy) ,  Strippoli Pierluigi (Department of Experimental, Diagnostic and Specialty Medicine, (DIMES), Unit of Histology, Embryology and Applied Biology, University of Bologna, Via Belmeloro 8, 40126 Bologna, BO, Italy) ,  Vitale Lorenza (Department of Experimental, Diagnostic and Specialty Medicine, (DIMES), Unit of Histology, Embryology and Applied Biology, University of Bologna, Via Belmeloro 8, 40126 Bologna, BO, Italy) ,  Pelleri Maria Chiara (Department of Experimental, Diagnostic and Specialty Medicine, (DIMES), Unit of Histology, Embryology and Applied Biology, University of Bologna, Via Belmeloro 8, 40126 Bologna, BO, Italy) ,  Caracausi Maria (Department of Experimental, Diagnostic and Specialty Medicine, (DIMES), Unit of Histology, Embryology and Applied Biology, University of Bologna, Via Belmeloro 8, 40126 Bologna, BO, Italy)
資料名： Data in Brief  (Data in Brief)
巻： 25  ページ： Null  発行年： 2019年 
JST資料番号： W3049A  ISSN： 2352-3409  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Caenorhabditis elegansはモデル生物として生物学とゲノミクスで広く使われている線虫である。著者らは,全体として野生型のBristol N2株C.elegans線虫のトランスクリプトームのための統合された定量的参照マップを提供する。地図は,遺伝子発現オムニバス(GEO)リポジトリで利用可能な110の遺伝子発現プロファイルのメタ分析により得られ,計算生物学ツールTranscriptom Mapper(TRAM)を用いて統合された。相対的遺伝子座へのプローブ割当と試料内及び試料間正規化(特にスケール化定量法を用いる)に従って,標準偏差と共に45,932の転写物に対する平均,コンセンサス基準値を提供した。発現値はすべてゲノム座標の文脈でマッピングされる。地図は,この標準条件における異なる遺伝子の発現値間の関係への容易なアクセスを提供し,相対的に高い過剰/過小発現を有するゲノムセグメントを強調し,個々の遺伝子及び特異的生物学的条件における全トランスクリプトーム(例えば変異株又は異なる成長虫)に対する遺伝子発現変異の試験の参照として役立つ可能性がある。Copyright 2019 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 標準偏差 ,  メタ分析 ,  リポジトリ ,  *トランスクリプトーム ,  *Caenorhabditis elegans ,  野生型 ,  *成体 ,  遺伝子発現 ,  変異 ,  遺伝子 ,  規格値 ,  線虫類 ,  ゲノム ,  プローブ
準シソーラス用語： ゲノミクス , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： C.elegans ,  トランスクリプトーム地図 ,  遺伝子発現 ,  成人の虫 ,  Meta-分析

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (6件)： 成体 ,  Caenorhabditis ,  参照 ,  定量 ,  トランスクリプトーム ,  データセット