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J-GLOBAL ID：201902216807023839   整理番号：19A2173172

変動電荷模型における静電エネルギー計算のための力整合法【JST・京大機械翻訳】

A force consistent method for electrostatic energy calculation in fluctuating charge model

著者 (3件)： Duan Guanfu (Shanghai Engineering Research Center for Molecular Therapeutics and New Drug Development, Shanghai Key Laboratory of Green Chemistry and Chemical Process, School of Chemistry and Molecular Engineering, East China Normal University, Shanghai 200062, China) ,  Ji Changge (Shanghai Engineering Research Center for Molecular Therapeutics and New Drug Development, Shanghai Key Laboratory of Green Chemistry and Chemical Process, School of Chemistry and Molecular Engineering, East China Normal University, Shanghai 200062, China) ,  Zhang John Z. H. (Shanghai Engineering Research Center for Molecular Therapeutics and New Drug Development, Shanghai Key Laboratory of Green Chemistry and Chemical Process, School of Chemistry and Molecular Engineering, East China Normal University, Shanghai 200062, China)
資料名： Journal of Chemical Physics  (Journal of Chemical Physics)
巻： 151  号： 9  ページ： 094105-094105-6  発行年： 2019年 
JST資料番号： C0275A  ISSN： 0021-9606  CODEN： JCPSA6  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 分子力場における分極効果を含む実用的アプローチは,原子電荷が分子系変化の配置として変化する変動電荷法である。しかし,変動する電荷法におけるエネルギーを評価するためのCoulomb式の使用は,変動する方法によって与えられる力と理論的に矛盾している。本研究では,変動電荷モデル(有効分極可能結合またはEPB)を用いて,分子系の静電エネルギーを正しく計算するための力の一貫した方法を提案した。このプロトコルにおいて,EPBモデルにおけるデフォルトCoulomb公式を用いるよりも,MDトラジェクトリーに沿った原子力の数値的相互作用により,静電エネルギーを得た。ベンチマークBarnase-Barstar蛋白質-蛋白質相互作用系に関する試験研究により,系の全静電エネルギーは平均効果によりほとんど偏差を示さないが,特異的残基-残基静電相互作用エネルギーは影響を受け,効果のレベルは荷電残基の電荷に依存し,電流プロトコルと標準Coulomb式の間の計算エネルギーの顕著な差を示した。提案した数値相互作用法は,分子動力学シミュレーションで使用される変動電荷モデルにおける静電エネルギーの計算において優先されるべきであることが推奨される。Copyright 2019 AIP Publishing LLC All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 分極 ,  力の場 ,  相互作用 ,  計算機シミュレーション ,  *計算 ,  静電相互作用 ,  ベンチマーク ,  *モデル ,  電流 ,  *電荷 ,  *静電エネルギー ,  トラジェクトリー ,  分子系
準シソーラス用語： 分子動力学シミュレーション ,  残基 ,  蛋白質間相互作用 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 物理化学一般その他  (CB01030T) ,  分子の電子構造  (BH05010Q)

タイトルに関連する用語 (6件)： 電荷 ,  模型 ,  静電エネルギー ,  計算 ,  力 ,  整合