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J-GLOBAL ID：201902216939322838   整理番号：19A0792159

定量的メタゲノムおよびメタ転写機能プロファイリングのためのマルチソースドメインアノテーションパイプライン【JST・京大機械翻訳】

A multi-source domain annotation pipeline for quantitative metagenomic and metatranscriptomic functional profiling

著者 (6件)： Ugarte Ari (Sorbonne Universite, UPMC-Univ P6, CNRS, IBPS, Laboratoire de Biologie Computationnelle et Quantitative - UMR 7238, Paris, France) ,  Vicedomini Riccardo (Sorbonne Universite, UPMC-Univ P6, CNRS, IBPS, Laboratoire de Biologie Computationnelle et Quantitative - UMR 7238, Paris, France) ,  Vicedomini Riccardo (Sorbonne Universite, UPMC-Univ P6, CNRS, Institut des Sciences du Calcul et des Donnees, Paris, France) ,  Bernardes Juliana (Sorbonne Universite, UPMC-Univ P6, CNRS, IBPS, Laboratoire de Biologie Computationnelle et Quantitative - UMR 7238, Paris, France) ,  Carbone Alessandra (Sorbonne Universite, UPMC-Univ P6, CNRS, IBPS, Laboratoire de Biologie Computationnelle et Quantitative - UMR 7238, Paris, France) ,  Carbone Alessandra (Institut Universitaire de France, Paris, France)
資料名： Microbiome (Web)  (Microbiome (Web))
巻： 6  号： 1  ページ： 149  発行年： 2018年 
JST資料番号： U7333A  ISSN： 2049-2618  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 生化学的及び調節的経路は最近考えられており,1つの細胞型,1つの生物及び1つの種内でモデル化されている。このビジョンは,全体のマイクロバイオーム配列決定研究の出現により劇的に変化し,基本的な生化学的機能における共生微生物集団の役割を明らかにした。新しい景観は,与えられた環境におけるコミュニティレベルでの生化学的および規制的経路の再構築を必要とする。環境因子が遺伝的物質にどのように影響するかを理解するために,環境試料における蛋白質ドメインの豊富さ,それらの弱い存在または不在を正確に推定することにより,与えられた経路に関連する遺伝子蛋白質配列または転写産物の量を評価することを望んだ。MetaCLADEは,マルチソースドメインアノテーション戦略に基づく新しいプロファイルベースのドメインアノテーションパイプラインである。それは,マイクロバイオにおける機能のカタログの同定を直接読み,改善するために直接適用される。MetaCLADEをシミュレーションデータに適用し,それが注釈領域の数においてInterProScanよりも優れている異なる環境から10以上のメタゲノムおよびメタトランスクリプトデータセットを得た。それを,UProCに対する相補的予測を示す,最先端の非プロファイルベースおよびプロファイルベースの方法,UProCおよびHMM-GRASPxと比較した。MetaCLADEとUProCの組合せは,環境試料の機能的アノテーションをさらに改善する。環境微生物群集の機能的活性に関する学習は,微生物相互作用と大規模環境影響を理解するための重要なステップである。MetaCLAADEは,メタゲノムおよびメタトランスクリプトデータに対して明示的に設計されており,そのマルチソース戦略により,分岐シーケンスにおけるパターンの発見を可能にする。MetaCLADEは,現在のドメインアノテーション法を高度に改善し,土壌や海洋生態系,古代メタゲノムおよびヒト組織などの非常に異なる環境のアノテーションにおいて精密度に達する。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *アノテーション ,  予測 ,  生化学 ,  再構成 ,  ヒト ,  モデリング ,  遺伝 ,  アミノ酸配列 ,  コミュニティ ,  シミュレーション ,  遺伝子
準シソーラス用語： 微生物コンソーシアム ,  *ドメイン構造 ,  *プロファイリング ,  *メタゲノム , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： 領域注釈 ,  メタゲノム ,  メタトランスクリプトミック ,  機能注釈 ,  確率モデル ,  環境 ,  モチーフ

分類 (3件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  遺伝学研究法  (EC01020N) ,  微生物の生態  (EG03040J)

引用文献 (80件)：

• Oikos; Changes in community properties during microbial succession; CR Jackson; 101; 2; 2003; 444-8; 10.1034/j.1600-0706.2003.12254.x; citation_id=CR1
• Nature; Community structure and metabolism through reconstruction of microbial genomes from the environment; GW Tyson, J Chapman, P Hugenholtz, EE Allen, RJ Ram, PM Richardson, VV Solovyev, EM Rubin, DS Rokhsar, JF Banfield; 428; 6978; 2004; 37-43; 10.1038/nature02340; citation_id=CR2
• Nat Commun; Competitive and cooperative metabolic interactions in bacterial communities; S Freilich, R Zarecki, O Eilam, ES Segal, CS Henry, M Kupiec, U Gophna, R Sharan, E Ruppin; 2; 2011; 589; 10.1038/ncomms1597; citation_id=CR3
• ISME J; Metabolic specialization and the assembly of microbial communities; DR Johnson, F Goldschmidt, EE Lilja, M Ackermann; 6; 11; 2012; 1985-91; 10.1038/ismej.2012.46; citation_id=CR4
• Thompson JN. The geographic mosaic of coevolution.University of Chicago Press; 2005.

タイトルに関連する用語 (4件)： 定量 ,  メタゲノム ,  転写 ,  プロファイリング