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J-GLOBAL ID：201902217248929035   整理番号：19A1978974

HOMPPD:一つの包括的なヒト口腔マクロプロテオーム配列データベース【JST・京大機械翻訳】

HOMPPD:A Comprehensive Protein Sequence Database for Human Oral Metaproteomic Studies

著者 (6件)： Song Tingting (河北大学生命科学学院,河北保定071000;国家蛋白質科学中心(北京)/北京蛋白質組研究中心/北京生命組学研究所,北京 102206) ,  Shao Chen (国家蛋白質科学中心(北京)/北京蛋白質組研究中心/北京生命組学研究所,北京,102206) ,  Du Peng (河北大学生命科学学院,河北保定071000;国家蛋白質科学中心(北京)/北京蛋白質組研究中心/北京生命組学研究所,北京 102206) ,  Zhang Benyu (国家蛋白質科学中心(北京)/北京蛋白質組研究中心/北京生命組学研究所,北京,102206) ,  Zhu Weimin (国家蛋白質科学中心(北京)/北京蛋白質組研究中心/北京生命組学研究所,北京,102206) ,  Jiang Jizhi (河北大学生命科学学院,河北保定,071000)
資料名： Zhongguo Shengwu Yixue Gongcheng Xuebao  (Zhongguo Shengwu Yixue Gongcheng Xuebao)
巻： 38  号： 3  ページ： 315-323  発行年： 2019年 
JST資料番号： C2256A  ISSN： 0258-8021  CODEN： ZSYXEI  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： メタゲノム学と比べ、マクロプロテオミクスは微生物機能の動的変化を体系的に描くことができるため、それを用いて口腔微生物の組成と機能を研究することは新興の分野になっている。適切な、完全なプロテオーム配列データベースはマクロプロテオームのデータ分析において非常に重要である。口腔マクロプロテオーム研究において、常用のデータベースはヒト口腔微生物データベース(HumanOralMicrobiomeDatabase,HOMD)であり、その中に117の菌属と367の菌種由来のプロテオーム配列が収録されている。しかし、近年の口腔メタゲノム研究において、大量のHOMD未収録の菌属が報告された。マクロゲノム研究で報告された95の細菌属のタンパク質配列に対して選別と脱冗長を行い、その後HOMDと整合した。より完全なヒト口腔微生物プロテオームデータベースHOMPPD(HumanOralMetaProteomePlusDatabase)を構築した。同時に、口腔微生物の高度個別化に基づき、各サンプルに対して一回の二段階探索を行う改良二段階検索法を提案し、最後に発表された唾液プロテオームデータを利用してテストを行った。統合により、HOMPPDは最終的に184の菌属と2793の菌種のプロテオーム序列を収録し、テストの結果、HOMPPDと改良した二段階の検索法を採用して39のHOMDに収録されていない新しい菌属と124の新菌種を同定することができた。新たに同定された菌属は主にProteobacteria、Firmicutes、Bacteroidetesの3つの門に分布していた。HOMPPDは今までに収録されたタンパク質配列が最も完全である口腔細菌プロテオームデータベースであり、その検索を用いて、唾液微生物の類群構成をより全面的に同定することができ、そのダウンロードリンクはftpである。//111.198.139.72;4000//pub//metaproteomics//homppd.fasta。Data from Wanfang. Translated by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アミノ酸配列 ,  *プロテオーム ,  冗長性 ,  *データベース ,  微生物 ,  プロテオミクス ,  細菌 ,  *ヒト ,  *口腔 ,  ダウンロード
準シソーラス用語： バクテロイデス門 ,  Firmicutes ,  プロテオバクテリア ,  ゲノミクス ,  メタゲノム , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (5件)： ヒト ,  口腔 ,  マクロ ,  プロテオーム ,  データベース