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J-GLOBAL ID：201902219146247605   整理番号：19A0730461

BovinesNP50遺伝子型配列を用いたHanwooおよびChikso個体群のゲノムワイド分析【JST・京大機械翻訳】

Genome-wide analysis of Hanwoo and Chikso populations using the BovineSNP50 genotyping array

著者 (12件)： Song Jun-Seok (College of Animal Life Science, Kangwon National University, Chuncheon, Republic of Korea) ,  Seong Ha-Seung (College of Animal Life Science, Kangwon National University, Chuncheon, Republic of Korea) ,  Choi Bong-Hwan (Division of Animal Genomics and Bioinformatics, National Institute of Animal Science, RDA, Wanju, Republic of Korea) ,  Lee Chang-Woo (Gangwon Province Livestock Technology Research Institute, Hoengseong, Republic of Korea) ,  Hwang Nam-Hyun (College of Animal Life Science, Kangwon National University, Chuncheon, Republic of Korea) ,  Lim Dajeong (Division of Animal Genomics and Bioinformatics, National Institute of Animal Science, RDA, Wanju, Republic of Korea) ,  Lee Joon-Hee (Institute of Agriculture & Life Science, College of Agriculture and Life Sciences, Gyeongsang National University, Jinju, Republic of Korea) ,  Kim Jin Soo (College of Animal Life Science, Kangwon National University, Chuncheon, Republic of Korea) ,  Kim Jeong-Dae (College of Animal Life Science, Kangwon National University, Chuncheon, Republic of Korea) ,  Park Yeon-Soo (Gangwon Province Livestock Technology Research Institute, Hoengseong, Republic of Korea) ,  Choi Jung-Woo (College of Animal Life Science, Kangwon National University, Chuncheon, Republic of Korea) ,  Kim Jong-Bok (College of Animal Life Science, Kangwon National University, Chuncheon, Republic of Korea)
資料名： Genes & Genomics  (Genes & Genomics)
巻： 40  号： 12  ページ： 1373-1382  発行年： 2018年 
JST資料番号： W4382A  ISSN： 2092-9293  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： HanwooおよびChikoは,現在食品および農業機関で登録されている韓国の在来ウシ品種として分類されている。しかし,HanwooをChikso個体群と比較するためのゲノム研究はまだ不足している。本研究の目的は,これらの2つの個体群間の遺伝的関係を調査することにより,HanwooおよびChikso個体群のゲノム全体の分析を行うことであった。著者らは,Illina Bovine SNP50K Beadchipを用いて,Gangwon Province Livestock Technology研究所からサンプリングされた214のHanwooと105のChikoを含む合計319のウシを遺伝子型決定した。最初に生成されたデータセット上で品質管理を行った後,1Mb離れた全ての可能なSNPペアに対する連鎖不均衡パターンを評価した。全体として,Hanwoo(0.048)における平均r2値は,Chikso(0.074)個体群より低かった。個体群間の遺伝的関係は,主成分分析によってさらに保証され,それぞれ,HanwooおよびChikso個体群のそれぞれにおいて明確なクラスタを示した。Hanwoo(0.359)に対する全体的ヘテロ接合性はChikso(0.345)よりわずかに高く,近交係数はChikso(-0.035)よりもHanwoo(-0.015)において高かった。平均F_ST値は,HanwuoとChiksoの間で0.036であり,それらの2つの品種の間でほとんど遺伝的差異を示さなかった。さらに,著者らは,ウシにおける肉および生殖形質に関連する可能性があるLRP1BおよびNTRK2遺伝子を含む潜在的な選択サインを見出した。本研究において,結果は,HanwooとChikso個体群の両方が,重度の近交レベルの下ではないことを示した。主成分分析は各個体群において明確なクラスタを示したが,これらの2つの個体群は互いに高度に区別されているという明確な証拠は見られなかった。Copyright 2018 The Genetics Society of Korea and Springer Nature B.V. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： クラスタ ,  生殖 ,  主成分分析 ,  *個体群 ,  *遺伝 ,  大韓民国 ,  品種 ,  *遺伝子 ,  *遺伝子型 ,  *ゲノム ,  同系交配 ,  食品 ,  農業
準シソーラス用語： 連鎖不平衡 ,  遺伝子タイピング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： Hanwoo ,  Chikso ,  ウシSnp50k BeadChip ,  連鎖不平衡

分類 (4件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  遺伝的変異  (EC01030Y) ,  飼育動物の育種  (FD01020R) ,  牛  (FD02020Y)

タイトルに関連する用語 (4件)： 遺伝子型 ,  個体群 ,  ゲノム ,  分析