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J-GLOBAL ID：201902219235679784   整理番号：19A1130884

ハイリスク被験者におけるHCVの遺伝的変異の一貫した時間パターンは送電ネットワークの影響を与える可能性がある【JST・京大機械翻訳】

Inconsistent temporal patterns of genetic variation of HCV among high-risk subjects may impact inference of transmission networks

著者 (11件)： Rose Rebecca (BioInfoExperts LLC, Thibodaux, LA, United States) ,  Rodriguez Christopher (BioInfoExperts LLC, Thibodaux, LA, United States) ,  Dollar James Jarad (BioInfoExperts LLC, Thibodaux, LA, United States) ,  Lamers Susanna L. (BioInfoExperts LLC, Thibodaux, LA, United States) ,  Massaccesi Guido (Department of Medicine, Johns Hopkins University, Baltimore, MD, United States) ,  Osburn William (Department of Medicine, Johns Hopkins University, Baltimore, MD, United States) ,  Ray Stuart C. (Department of Medicine, Johns Hopkins University, Baltimore, MD, United States) ,  Thomas David L. (Department of Medicine, Johns Hopkins University, Baltimore, MD, United States) ,  Cox Andrea L. (Department of Medicine, Johns Hopkins University, Baltimore, MD, United States) ,  Laeyendecker Oliver (Department of Medicine, Johns Hopkins University, Baltimore, MD, United States) ,  Laeyendecker Oliver (NIAID, NIH, Baltimore, MD, United States)
資料名： Infection, Genetics and Evolution  (Infection, Genetics and Evolution)
巻： 71  ページ： 1-6  発行年： 2019年 
JST資料番号： A1228A  ISSN： 1567-1348  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： C型肝炎ウイルス(HCV)配列は,薬剤(PWID)を注入する人々のネットワークを確立するためにしばしば使用される。しかしながら,宿主内進化動力学がこれらの推論に影響する程度は注意深く研究されていない。ここで,著者らは,B型肝炎(BBAASH)コホートにおける薬物(PWID)を注射する88人のHCV+人からの702の縦方向にサンプリングされたHCV E1配列を分析した。個人は,臨床への複数の訪問にわたってHCV RNAに対して試験され,HCV E1遺伝子はHCV+サンプルに対して配列された。遺伝的クラスタ化は,疫学的連鎖を定義するために,3%の遺伝的距離閾値を用いて,一連の配列に関して実行された。最大尤度(ML)系統発生は進化関係を評価するために推論された。著者らは,5つ以上の年(長期クラスタ,LTC)でサンプリングされた配列を含む22のクラスタを見出し,そのうち17は>1の被験者を持っていた。多重被験者LTCの6人において,1人の被験者は,クラスタ(時間-ギャップLTC)において最も近い被験者より3年早いか後にサンプリングされたシーケンスを持っていた。ML樹は,時間ギャップLTCの3つにおいて,2つの被験者がサンプリング時間を分離する7~10年にもかかわらず同一の配列を持つことを示した。追加データが入手可能な時間ギャップLTCの4つにおいて,後に検出された共有変異体を有する被験者は,共有変異体の出現前に検出可能なHCV RNA(RNA-)を持たない異なる変異体と訪問の両方を有していた。共有変異体の以前の検出を受けた被験者において,異なる変異体とRNA訪問は,共有変異体の出現に続く複数の症例においても検出された。PWID間の共有ウイルス変異の複雑なパターンは,進行中の再感染,複数の伝達パートナー,および/またはウイルス変異体の不一致検出を反映している。著者らの結果は,送信イベントが,時間の単一点におけるシーケンスの解析によって現在過小評価されていることを示唆している。Copyright 2019 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 多重化 ,  *遺伝 ,  疫学 ,  C型肝炎ウイルス ,  クラスタ化 ,  クラスタ ,  最尤法 ,  *ネットワーク ,  遺伝子 ,  RNA【核酸】 ,  系統発生 ,  母集団
準シソーラス用語： 過小評価 ,  再感染 ,  *被験者 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 疫学 ,  クラスタリング ,  系統発生 ,  進化動力学 ,  進化速度

分類 (2件)： ウイルス感染の生理と病原性  (EG04042Y) ,  ウイルスの生化学  (EG04030F)

タイトルに関連する用語 (6件)： ハイリスク ,  被験者 ,  HCV ,  遺伝的変異 ,  送電ネットワーク ,  可能性