文献

J-GLOBAL ID：201902219869540287   整理番号：19A0711130

ミニイオンとIllumina sequencerを用いた中型ゲノムのde novo集合【JST・京大機械翻訳】

De novo assembly of middle-sized genome using MinION and Illumina sequencers

著者 (3件)： Minei Ryuhei (Department of BioScience, Nagahama Institute of Bio-Science and Technology, Nagahama, Japan) ,  Hoshina Ryo (Department of BioScience, Nagahama Institute of Bio-Science and Technology, Nagahama, Japan) ,  Ogura Atsushi (Department of BioScience, Nagahama Institute of Bio-Science and Technology, Nagahama, Japan)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 19  号： 1  ページ： 700  発行年： 2018年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 二次共生による色素体獲得は藻類進化の駆動力であり,共生生物のゲノム変化を調べるために比較ゲノミクスが必要である。したがって,著者らは,長くて短い読み取りを用いて,低コストで高品質の中間サイズのゲノムのde novo組立のパイプラインを確立した。著者らは,長い読み込まれたsequサーとしてOxfford nopore minionを,短い読み取りsequサーとしてIllina HiSeq4000を用いて共生藻類Chlorella variabilisを配列決定し,様々な条件下でゲノムを組み立てた。次に,遺伝子モデル品質とRNA-seqマッピング率によりこれらの集合を評価した。著者らは,長く読まれたのみの集合が比較ゲノミクス研究に適していないが,短い読み取りで,許容できる集合を得ることができることを見出した。この結果に基づいて,ミニイオンを用いて中サイズの藻類ゲノムに対するde novo集合のパイプラインを確立した。色素体獲得の初期段階におけるゲノム変化は,多くの藻類ゲノムを配列決定し比較することにより明らかにできる。さらに,このパイプラインは,高品質で容易な種々の中間サイズの真核生物ゲノムの集合のための解決策を提供する。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 品質 ,  遺伝子 ,  色素体 ,  RNA【核酸】 ,  モデル ,  クロレラ属 ,  真核生物 ,  駆動力 ,  *ゲノム ,  RNA-seq ,  共生藻 ,  高品質 ,  ローコスト ,  比較ゲノミクス ,  共生生物 ,  藻類 ,  隠花植物 ,  生物

著者キーワード (7件)： プラスチド取得 ,  二次内部共生 ,  Chlorella variabilis ,  ゲノム組立パイプライン ,  ハイブリッド組立 ,  遺伝子モデルの品質 ,  RNA-seqマッピング速度

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (38件)：

• Am Nat; Tracing the thread of plastid diversity through the tapestry of life; CF Delwiche; 154; 1999; S164-S177; 10.1086/303291; citation_id=CR1
• J Phycol; Primary and secondary endosymbiosis and the origin of plastid; GI McFadden; 37; 2001; 951-959; 10.1046/j.1529-8817.2001.01126.x; citation_id=CR2
• Am J Bot; Diversity and evolutionary history of plastids and their hosts; PJ Keeling; 91; 2004; 1481-1493; 10.3732/ajb.91.10.1481; citation_id=CR3
• Plant Biotechnol; Changing concepts of a plant: current knowledge on plant diversity and evolution; I Inouye, N Okamoto; 22; 2005; 505-514; 10.5511/plantbiotechnology.22.505; citation_id=CR4
• Nature; Algal genomes reveal evolutionary mosaicism and the fate of nucleomorphs; BA Curtis, G Tanifuji, F Burki, A Gruber, M Irimia, S Maruyama; 492; 2012; 59-65; 10.1038/nature11681; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (4件)： イオン ,  中型 ,  ゲノム ,  集合