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J-GLOBAL ID：201902220661325356   整理番号：19A1652890

DNAにおける非結合相互作用の計算機シミュレーションのいくつかの問題【JST・京大機械翻訳】

Some Problems of Computer Simulation of Non-Bonded Interactions in DNA

著者 (6件)： Poltev V. (Autonomous University of Puebla, Puebla, Mexico) ,  Deriabina A. (Autonomous University of Puebla, Puebla, Mexico) ,  Dominguez V. (Autonomous University of Puebla, Puebla, Mexico) ,  Sanchez C. (Autonomous University of Puebla, Puebla, Mexico) ,  Gonzalez E. (Autonomous University of Puebla, Puebla, Mexico) ,  Polteva N. A. (Institute of Theoretical and Experimental Biophysics, Russian Academy of Sciences, Pushchino, Moscow oblast, Russia)
資料名： Biophysics  (Biophysics)
巻： 64  号： 2  ページ： 170-181  発行年： 2019年 
JST資料番号： W4111A  ISSN： 0006-3509  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： DNAの空間構造の形成の規則性の研究のためのコンピュータモデリングの種々の方法の応用におけるいくつかの困難性を解析した。種々の相互塩基位置におけるメチル化塩基(1-メチルピリミジン類および9-メチルプリン類)のすべての10対の組合せに対する分子間相互作用エネルギーの計算を,亜硝酸塩基の重要な役割のために行った。分子の異なる相互位置に対応する局所エネルギー極小を,異なる分子力学力場,ab initio量子力学,および密度汎関数理論を用いて見出した。3つのタイプの相互分子位置に対応するエネルギー極小,すなわち(1)2つのN-H...Oおよび/またはN-H...N水素結合を持つ塩基位置;(2)基底環面のほぼ平行な配置,すなわち,基底積層;(3)T字型(ほぼ垂直)塩基環位置と水素結合形成を広範囲に研究した。これらの極小の大部分は,異なる複雑さの方法を用いて得られた。しかし,計算の方法は,最小値がある基底結合と様々な極小の相対的深さに対して最も深い(グローバル)であることを決定する。これらのシミュレーションと簡単なDNAフラグメントに関する計算の解析,および文献からの広範なデータは,DNAにおける非結合相互作用に関するすべての実験データの定量的記述に適した方法がないことを示唆する。種々の方法で計算した錯体のエネルギーと構造特性の比較により,それらの能力と欠点を実証した。核酸の非結合相互作用の妥当な記述は,それらの単純なフラグメントの追加的研究と種々の方法の併用を必要とする。Copyright 2019 Pleiades Publishing, Inc. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： メチル化 ,  エネルギー ,  構造特性 ,  分子内力学 ,  力の場 ,  量子論 ,  *計算機シミュレーション ,  計算 ,  分子間相互作用 ,  立体構造 ,  水素結合 ,  基底 ,  錯体 ,  密度汎関数法 ,  *DNA【核酸】
準シソーラス用語： *非結合相互作用 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： DNA ,  コンピュータシミュレーション ,  分子力学 ,  非経験的計算 ,  密度汎関数理論

分類 (4件)： 分子間相互作用  (BH07020P) ,  分子化合物  (CE02000C) ,  核酸一般  (EB04010U) ,  分子の立体配置・配座  (BH05022J)

タイトルに関連する用語 (3件)： DNA ,  非結合相互作用 ,  計算機シミュレーション